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Sélection-Visualisation


Il est très fréquent que l'on ait à focaliser l'étude d'une molécule sur certains de ses composants. Plusieurs procédés de sélection sont proposés dans RasTop.

Sélection à partir des icônes

C'est le mode de sélection le plus naturel et interactif par lequel on désigne un composant (atome, groupe, chaîne, molécule) sur lequel on applique généralement un changement de visualisation.

picking_atom.jpg Sélection d'atomes

Cliquer sur l'icône pour activer le mode de sélection.
Pointer sur un atome particulier. Son nom apparaît dans le panneau d'affichage.
Cliquer à nouveau sur l'icône pour désactiver le mode sélection.
Changer de mode de représentation.
 

select-atom1.gif
select-atom2.gif
select-atom3.gif
Sélection avec picking_atom.jpg Visualisation avec selection_remove.jpg Représentation avec render_sphere.jpg

picking_atom.jpg Sélection de portions de molécules

Cliquer sur l'icône pour activer le mode de sélection. 
Avec le pointeur, cliquer sur l'écran et tirer pour décrire un quadrilatère englobant une portion de la molécule.
Lire dans le panneau de commande le nombre d'atomes sélectionnés.
 

select-adn1.gif
select-adn2.gif
select-adn3.gif
Sélection avec picking_atom.jpg Visualisation avec selection_remove.jpg Représentation avecrender_ballstick.jpg

La sélection de portions de molécules est itérative : avec l'icône de sélection d'atomes, on peut de nouveau déterminer une zone à l'intérieur de la sélection précédente, et ainsi zoomer de plus en plus.


picking_group.jpg Sélection d'un groupe

Cliquer sur l'icône pour activer le mode de sélection. 
Avec le pointeur, cliquer sur le groupe (résidu) souhaité.
Lire dans le panneau de commande le nombre d'atomes sélectionnés.
 

select-glu6-1.gif select-glu6-2.gif select-glu6-3.gif
Sélection avec picking_group.jpg Visualisation avec selection_remove.jpg Représentation avec render_ballstick.jpg


picking_chain.jpg Sélection d'une chaîne

Cliquer sur l'icône pour activer le mode de sélection. 
Avec le pointeur, cliquer sur un élément.
Lire dans le panneau de commande le nombre d'atomes sélectionnés.
 

select-chain1.gif select-chain2.gif
Visualisation avec selection_remove.jpg

 

Représentation avec render_ballstick.jpg

 

picking_molecule.jpg Sélection d'une molécule

S'il y a plusieurs molécules dans la même fenêtre.
Cliquer sur l'icône pour activer le mode de sélection. 
Avec le pointeur, cliquer sur un élément d'une molécule.
Lire dans le panneau de commande le nom de la molécule sélectionnée.



Sélection à partir des commandes

La sélection avec les commandes de rasmol fait par définition appel à la connaissance des commandes, des actions, des ensembles et objets reconnus par le logiciel et de la syntaxe requise pour les exprimer. La connaissance des commandes est en particulier utile pour l'écriture de scripts (enchaînement de commandes).

Les commandes les plus utiles et les plus courantes

  • Chargement et fermeture d'une molécule : load NomDeLaMolécule ; zap ;
  • Sélection d'éléments structuraux : select helices, sheets (feuillets), turns (coudes) ; on peut être aidé par l'affichage des informations sur la molécule et sur sa séquence (Menu Molécule) ;
  • Sélection d'une chaîne dont on connaît l'identificateur : select *A (chaîne A), d'un type de résidu (*cys) d'une résidu désigné par son nom (val6) ou par son numéro d'ordre (12), d'une succession de résidus (select 1, 5, 15, 27...) ou d'un intervalle de résidus : select 1-9. Attention : si la molécule comporte plusieurs chaînes, et qu'on désigne un atome par son numéro, le logiciel sélectionne tous les atomes qui portent le même numéro dans les différentes chaînes.
  • Sélection d'hétéroatomes : select hetero, select water..
  • Sélection dans un périmètre : select within ((position, ou nom d'atome, ou nom de résidu), 2000) (en unités rasmol ; 1 Ängström vaut 250 unités).
  • Modification de l'affichage des atomes et des liaisons : Display spacefill (sphères), ribbons (rubans), dots (points), 
  • Coloration de la selection : color red, yellow, green, blue...
  • Après une sélection, ne pas oublier de repasser par Select all si on veut sélectionner des éléments qui ne font pas partie de la sélection précédente.



    Sélection à partir des listes déroulantes

    Les sélections par type d'élément ou par propriété doivent passer par les boîtes de sélection avant de leur appliquer un changement de visualisation.

    - Choisir un type d'élément
    - Cliquer sur l'icône selection_new.jpg
    - Vérifier dans le panneau de commande le nombre d'atomes sélectionnés
    - Modifier la représentation, ou la coloration, etc.

     



    Définition de sélections par l'utilisateur

    Définition d'ensembles pour la durée d'une session.

    - Effectuer une sélection.
    - Menu, Editer, Définir
    - Donner un nom à la sélection
    - Vérifier dans la liste déroulante Utilisateurs la présence de l'ensemble défini.

    Attention : les ensembles sont perdus à la fermeture de RasTop.