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Quelques inventaires de diversité des champignons

 


 

Des résultats obtenus en classe avec nos élèves avec des extraits de sol prélevés localement

 

►Campagne 2011-2012

type de sol nombre de types différents de champignons
  • pelouse
  • face sup : moyenne élèves 3,5 (2-3 ; 3 ; 2 ; 4-5 ; 6 ; 3-4 ; 3 ; 4-5 ; 2-3) ; moyenne prof 3,8 (3-4 ; 4)
  • face inf : moyenne élèves 3,8 (2 ; 2-3 ; 5-6 ; 5 ; 3-4 ; 3 ; 5-6 ; 4-5 ; 3)
  • compost
  • face sup : moyenne élèves 3,5 (3 ; 3 ; 4-5 ; 3-4 ; 4 ; 3) ; moyenne prof 6 (4-5 ; 6-7 ; 4-5 ; 5 ; 6 ; 4-5)
  • face inf : moyenne élèves 4,6 (5-6 ; 4-5 ; 5-6 ; 7 ; 5 ; 4-5) ; moyenne prof 6,9 (6-7 ; 7 ; 7 ; 8+ ; 6)
  • litière
  • face sup : moyenne élèves 3,9 (2-3 ; 4 ; 4-5 ; 3-4 ; 3-4 ; 3-4 ; 4 ; 4-5 ; 3-4 ; 5) ; moyenne prof 5,7 (5 ; 5-6 ; 6-7)
  • face inf : moyenne élèves 5,2 (6-7 ; 5 ; 4-5 ; 3-4 ; 4 ; 5-6 ; 6-7 ; 5 ; 5-6 ; 5-6) ; moyenne prof 6 (5-6 ; 6-7)
bilan
  • moyenne plus élevée sur la face inférieure (plus de variations de couleur pour l'essentiel),
  • moyenne un peu plus élevée pour le professeur (travail fait sur photo numérique pour ce dernier)
  • litière et compost présentent une diversité un peu plus élevée que le sol de pelouse

 

  • Il s'agit d'une première approche dont il faut reconnaître qu'elle demande un investissement assez important, en amont pour la préparation, en classe dans l'accompagnement des élèves. C'est une manipulation qui a un bon succès auprès des élèves et qui pratiquée avec un minimum de précautions et de soins offre une certaine robustesse. Il est possible de l'exploiter en classe de 2de dans le thème 1 sous l'angle de la "biodiversité" et/ou dans le thème 2 lors de l'étude du sol.
  • Une mise en commun de résultats peut être envisagée dans une approche de type "sciences citoyenne" ou "science collaborative", pour laquelle de nombreuses initiatives existent déjà. Si vous souhaitez participer ou faire connaître vos résultats, nous contacter : herve.levesque@ac-versailles.fr
  • Il serait plus complet et plus rigoureux dans le cadre d'une approche d'inventaire de la biodiversité de non seulement dénombrer les types différents de champignons rencontrés mais également le nombre d'individus pour chaque type, ce qui conduirait à pouvoir calculer un indice de diversité biologique.

 


►Autres résultats ("campagne" 2010-2011) :

 

type de sol analysé nombre de types différents de champignons
  • litière, couvert et surface du sol (4 échantillons, 11 boîtes)
  • moyenne 4,6 (4,2 ; 4,8 ; 4,4 ; 5)
  • touffes de mousses et lichens sur un mur, à 2m du sol (2 boîtes)
  • moyenne 3,3
  • sol de pelouse, en surface (3 échantillons dont un ayant subi une pollution au gaz-oil, 8 boîtes)
  • moyenne 4,2 (4,1 ; 4,2 ; 4,3)
  • sol d'un trottoir en terre désherbé chimiquement (2 boîtes)
  • moyenne 3,3
  • sol agricole, en surface (2 échantillons, "blé" et "colza" ; 6 boîtes)
  • moyenne 5,5 (5,2 ; 5,8)

 

Bilan : les résultats de l'année précédente vont dans le même sens pour la comparaison litière /sol de pelouse mais l'écart est moindre. Il reste à analyser par des outils statistiques ces quelques données pour s'assurer de la validité des conclusions. Le désherbage chimique (mais pas le gaz-oil) ou un "sol" rudimentaire (mousses et lichens) donnent conformément aux attentes des valeurs plus faibles. Les sols agricoles ont ici la valeur la plus élevée.

 


 

Quelques premiers résultats dans le cadre de collaboration avec des établissements d'autres régions

 

►Campagne 2012-2013

Un travail mené en collaboration avec des collègues de Sens (Linda Duciel et Richard Friedrich, tous les deux professeurs de SVT) sur des sols de Vigne dont l'un a été laissé en jachère depuis quelques années et un sol voisin qui est travaillé en conventionnel, soit une situation particulièrement intéressante à évaluer. Les mesures de diversité des types de colonies mycéliennes observées et d'effectifs des colonies sont données dans les tableaux suivants. Un échantillon de sol prélevé au lycée JP Vernant à Sèvres à proximité du laboratoire de SVT sert de témoin (qui pourra être repris lors de futures comparaisons semblables) :

 

tableau 1 : nombre de types différents (diversité) de colonies mycéliennes (cultures sur milieu PDA, Potato Dextrose Agar)

localité

Sèvres Sens Sens Sens Sens
échantillon lycée JPV jachère jachère travaillé travaillé
fraction haute haute basse haute basse
mesure 1 (08.04) 10 7-8 8-9 5 7-8
mesure 1 (08.04) 9 5-6 7 5-6 6-7
mesure 1' (08.04) 8-9 7-8 9 4-5  -
mesure 1' (08.04) 8 7-8 8 5-6 5 à >5
mesure 2 (09.04) 9 9 9 8-9 7
mesure 2 (09.04) 7-8 9-10 10-11 4-5-(6) >6
mesure 3 (11.04) 17 env. 15 >10 10  -
mesure 3 (11.04) 20 env. 15 12-15 12 max 15
           
moy 1 8,9 7 8,1 5,1 6,4
moy 2 8,3 9,3 9,8 6,8 6,7
moy3 18,5 15 12,3 11 max 15
           
moyenne générale 11,9 10,4 10,1 7,6 9

 

 La fraction haute correspond aux 5 premiers cm de la carotte de prélèvement, la fraction basse aux 5 suivants (le prélèvement se limitant ici aux 10 premiers cm). Les nombres correspondent aux lectures effectuées sur la face supérieure et/ou inférieure des boîtes sur lesquelles ont été étalées 1 ou 3 gouttes d'extrait de sol (voir le protocole). Le sol témoin du lycée Jean-Pierre Vernant à Sèvres correspond à un parterre comportant quelques arbustes, régulièrement désherbé et ne recevant aucun traitement.

  • Il ressort de l'analyse du tableau une faible différence à l'avantage du sol de jachère et peut-être une faible différenciation avec la profondeur pour le sol de vigne travaillé, la fraction basse présentant une diversité légèrement plus élevée que la fraction haute.

 

tableau 2 : nombre total (abondance) de colonies mycéliennes, exprimé en 10e+5 /g de sol (données tirées des cultures précédentes)

localité Sèvres Sens Sens Sens Sens
échantillon lycée JPV jachère jachère travaillé travaillé
fraction haute haute basse haute basse
mesure 2 (09.04) - 1,25 0,5 0,18 0,84
mesure 3 (11.04) 0,3 à 0,4 1,5 à 1,8 0,3 0,1 à 0,2 1
           
moyenne générale 0,4 1,5 0,4 0,2 0,9
  • Il ressort de l'analyse du tableau une plus grande abondance de champignons pour la fraction haute du sol de jachère, ce qui pourrait s'accorder avec une teneur plus élevée de matière organique dans les premiers cm en surface. A l'inverse, le travail du sol pourrait entraîner plus en profondeur la matière organique ce qui expliquerait une plus grande abondance de champignons dans la fraction basse du sol travaillé. Au lycée JP Vernant, l'échantillon témoin présenterait une faible abondance du fait de l'enlèvement des produits de coupe lors des travaux de désherbage. Il conviendrait de compléter ce travail avec des dosages de matière organique pour étayer l'interprétation.
  • Au bilan, le sol laissé en jachère présente une abondance et une diversité supérieures au sol travaillé à supposer que les deux sols soient suffisamment comparables par ailleurs. C'est un résultat particulièrement intéressant qu'il conviendrait de confirmer et qui démontrerait tout l'intérêt de ce type de tests microbiologiques classiques.
  • La collaboration engagée avec les collègues de Sens s'inscrit dans le cadre du projet "Génome à l'école" et un prolongement de ce travail pourra être opéré à l'aide d'outils moléculaires ce qui permettra aux élèves de confronter les deux approches, microbiologie classique et biologie moléculaire. D'autres établissements parmi ceux participant au projet "Génome à l'école" et développant également une étude sur la vigne dans différentes régions françaises pourraient aider à développer et consolider les premiers résultats présentés ici.
  • Nous invitons également tous les collègues du secondaire (ou du supérieur!) qui souhaiteraient développer de telles études en classe, avec leurs élèves et leurs propres sols, à bien vouloir nous communiquer leurs résultats que nous puissions faire grossir cette (trop) petite base de données.

 

contact : herve.levesque@ac-versailles.fr

 

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