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Résultats des alignements effectués à partir du logiciel Anagène pour les différents allèles et polypeptides étudiés

Par Hervé Levesque Dernière modification 08/04/2019 12:10
D'après le document créé par Monique Dupuis.

Résultats des alignements effectués à partir du logiciel Anagène


Comparaison par alignement simple des allèles A et des polypeptides correspondants

 écran anagène_alignement ABO_A_1

 écran anagène_alignements ABO_A_2

écran anagène_alignements ABO_A_3

(il y a 1128 nucléotides pour A201)
 

· Les allèles A101, A102, A103 et A201 codent tous pour des enzymes EA fonctionnelles, ayant le même rôle. Les acides aminés modifiés dans la séquence protéique ne doivent donc pas intervenir de façon importante dans la structure spatiale de la molécule, et ne doivent pas être situés au niveau du site actif. Il y aura donc toujours synthèse possible du marqueur A à partir de H.

 

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Comparaison par alignement simple des allèles B et des polypeptides correspondants

écran anagène_alignements ABO_B_1

écran anagène_alignements ABO_B_2

 

(tous les allèles B présentés ici ont 1065 nucléotides)

· Les allèles B101, B102 et B103 codent tous pour des enzymes EB fonctionnelles, ayant le même rôle. Les acides aminés modifiés dans la séquence protéique ne doivent donc pas intervenir de façon importante dans la structure spatiale de la molécule, et ne doivent pas être situés au niveau du site (actif) catalytique!. Il y aura donc toujours synthèse possible du marqueur B à partir de H. Par contre un des substrats de l'enzyme est modifié ce qui signifie que le site de fixation de ce substrat est modifié : le changement d'un ou plusieurs des 4 acides aminés (résultat des mutations portées par l'allèle B) est responsable de cette modification des propriétés de l'enzyme.

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Comparaison par alignement simple des allèles O et des polypeptides correspondants

écran anagène_alignements ABO_O_1

écran anagène_alignements ABO_O_2

écran anagène_alignements ABO_O_3

écran anagène_alignements ABO_O_4

(aucune différence de séquence de nucléotides pour les 118 premiers codons)

· Les allèles O101, O104, O106 ont la même séquence nucléique pour les 117 premiers codons, et possèdent tous un codon stop en position 118. La valeur précédemment indiquée (et que l'on retrouve généralement dans la littérature) est de 115 AA pour le polypeptide O : ici on a donc 2 AA supplémentaires!!! il y a donc une incohérence; revoir la numérotation dans Anagène et identifier le couac! Ils codent donc tous pour un polypeptide court, ne pouvant prendre une conformation spatiale correcte, ne permettant pas l'activité enzymatique, donc ne permettant pas la synthèse de marqueurs A ou B.

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