Comparaison entre elles des séquences du gène issu du Chromosome 3 d’individus sain et malades : mise en relation avec les séquences protéiques correspondantes.
Comparaison entre elles des séquences du gène issu du Chromosome 3 d’individus sain et malades : mise en relation avec les séquences protéiques correspondantes.
Comparaison des allèles : cas du gène xpc
Protocole de l'activité :
Lancer le logiciel Anagène
Fichier Ouvrir
Choisir le fichier convenable (séquences de différents allèles du gène : xpc_adn.edi)
Sélectionner la forme de référence et la ou les formes à comparer entre elles.
Traiter Comparer les séquences
Choisir Comparaison simple
Reporter la nature et les positions des différences dans un tableau.
- Dans l'allèle xpc_3, on note la délétion de deux nucléotides consécutifs (AA)
- Pour l'allèle xpc_2, on note un triplet supplémentaire (GTG) par rapport aux autres allèles
- Pour l'allèle xpc_1, on note une seule substitution en position 2455 (C au lieu de A)
xpc_1 | xpc_2 | xpc_3 | |
Nature des différences entre allèles (par rapport à l'allèle de référence xpc_0.cod) | A2452->C | ins GTG | del AA |
Position des différences entre allèles (Pa) | 2452 | 1744 | 1137 |
Nature des différences entre protéines (par rapport à la référence pro_xpcnorm.pro) | K818->Q818 | V en plus en 581 | Séquence modifiée en 380 |
Position des différences entre protéines (Pp) | 818 | 581 | 380 |
Rapport Pa/Pp | 2,99 | 3,00 | 2,99 |
On remarque que :
- chaque différence dans la protéine correspond à une différence au niveau du gène ;
- le rapport arithmétique des positions des différences au niveau du gène et celles au niveau des protéines est égal ou très voisin de 3.
D'où l'idée d'un codage de la séquence des acides aminés de la protéine dans le gène
Relation entre les modifications constatées entre les allèles et les modifications constatées entre les protéines :
- Dans le cas de xpc_1 : la substitution d'un nucléotide provoque le changement d'un triplet (CAA au lieu de AAA), et donc une différence d'un acide aminé : glutamine au lieu de lysine.
- Dans le cas de xpc_2 : la présence d'un triplet supplémentaire entraîne le décalage de tout le cadre de lecture à partir de cette position, donc une séquence en acides aminés très différente de xpc_norm à partir de cette position, ainsi que l'existence d'un acide aminé supplémentaire.
dans le cas de xpc_3 : la délétion de deux nucléotides successifs décale tout le cadre de lecture, entraînant une modification de la séquence en acides aminés à partir de cette position, ainsi que l'apparition précoce d'un triplet stop (402è triplet).
Cas du gène xpf (localisé sur le chr 16) :
xpf_1 | xpf_2 | xpf_3 | xpf_4 | xpf_5 | xpf_6 | |
Nature des différences entre allèles (par rapport à l'allèle de référence xpf_0.cod) | C->T | G->A T->C |
del T A->G |
ins AG | A->G G->A |
G->A T->C |
Position des différences entre allèles (Pa) | 2362 | 1471 1553 |
1937 1666 |
1330 | 642 1504 |
1436 1790 |
Nature des différences entre protéines (par rapport à la référence pro_xpfnorm.pro) | R->W | E->K I->T |
T->A V->E |
E->G | I->M G->R |
R->Q L->P |
Position des différences entre protéines (Pp) | 788 | 491 518 |
646 556 |
445 | 214 502 |
479 597 |
Rapport Pa/Pp | 2.99 | 2.99 2.99 |
2.99 2.99 |
2.98 | 3.00 2.99 |
2.99 2.99 |
Remarque : la même démarche peut être menée avec la protéine pro_xpa.