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Banque de données "autour de l'ADN" pour Rastop

RASTOP

Rastop permet d'ouvrir les fichiers pdb

Voir l'aide et le téléchargement du logiciel Rastop


Des molécules servant à l’identification de la séquence nucléotidique

Objectif : découvrir des molécules d'ADN

Télécharger toutes ces  molécules

Nom et
Code PDB

Nature

Nombre de nucléotides

Adn_h.pdb
1D7G    

ADN humain - molécule hydrogénée     36

Adn_cycl.pdb
1EQZ

Très bel enroulement de la molécule d'ADN humain. Extrait du fichier 1EQZ sans l'histone.   292
(exceptionnel)

 

Des molécules biologiques extraites à partir de cellules ou particules virales


Objectif : montrer l’universalité de la structure de l’ADN

Télécharger toutes ces  molécules
 

Nom
Code PDB
Nature Nombre de nucléotides  Type d'organisme

Rat.pdb
1C   

ADN de Rat (Rattus norvegicus) 16  Eucaryotes

Adn-lev.pdb
1AKP     

ADN de levure (Saccharomyces sp)      20 Eucaryotes

Adn-ec.pdb     1AB4

ADN d'Echerichia coli      26 Bactérie

Sulfolobus.pdb
1CA5       

ADN de Sulfolobus acidocaldarius      16 Bactérie 

Pyrococcus.pdb
1D3U       

ADN de Pyrococcus woesei      48  Bactérie

Bacteriophage.pdb
5CRX      

ADN de Bactériophage P1     66  Virus

Herpes.pdb
1B3T        

ADN du virus de l'Herpés (Human Herpesvirus 4)      36 Virus

Adn-virus.pdb
424D        

ADN de Papillomavirus    23 Virus


Adn-vih.pdb
1BQN           

ADN proviral de virus VIH (clône12 Type 4)  38 Virus



   
  Des molécules humaines


Objectif : montrer la variabilité de l’ADN, la séquence nucléotidique

Télécharger toutes ces  molécules

Nom
Code PDB
Nature Nombre de nucléotides

Adn-hum1.pdb
1BNK

Hydrolase ADN 22

Adn-hum2.pdb
1C9B

Transcription ADN 36

Adn-hum3.pdb
1D7G

Facteur de transcription 36

Adn-hum4.pdb
1TSR

Tumor factor protein p53 et ADN 42

 

 

 

Une librairie de petites molécules hydrogénées


Objectif : préciser les molécules qui entrent dans la constitution de l'ADN

Attention: ces molécules montrent toutes la présence d'atomes d'hydrogène, ce qui n'est pas le cas des macromolécules précédentes
 

Télécharger toutes ces  molécules

Nom

Nature

A.pdb

Chaine A de l'ADN

Adn.pdb

ADN humain, deux brins (fichier 1D7G)

Nucthyh.pdb

Thymidine

Nuc2cgh.pdb

Complémentarité des bases C-G

Nuc2ath.pdb

Complémentarité des bases A-T

Nucguah.pdb

Guanosine

Nuccyt.pdb

Cytidine

Nucadeh.pdb

Adénosine

H3po4.pdb

Acide phosphorique

Desribh.pdb

Désoxyribose

Thymineh.pdb

Thymine

Guanineh.pdb

Guanine

Cytosin.pdb

Cytosine

Adenineh.pdb

Adénine