Aller au contenu. | Aller à la navigation

Outils personnels

Plateforme - ACCES
Navigation

Enseigner les Sciences de la nature

logo ensl   Logo du ministère de l'éducation
logo CIRI logo Immuniser Lyon
logo LBMC logo Musée Mérieux
Logo Inserm igfl igfl logo CREATIS
Logo du Museum national des histoires naturelles
Logo du musée de Confluences
logo geo 3d
Logo de Lyon 1 logo lgltpe 
Logo du Museum national des histoires naturelles
Logo du musée de Confluences
logo LBMC
logo LBMC
logos composé logo COP In My City logo Investissement d'avenirLogo du musée de Confluences
logo Météo France Logo du musée de Confluences
logo EVSlogo Grand Lyon
logo UDL
Logo Auvergne-Rhone-Alpes
logo UNISCIEL

La phylogénie par les mots

Par plejamble — Dernière modification 27/12/2017 17:01
Un vocabulaire complexe est utilisé en phylogénie. Certains mots sont employés dans un sens différent du sens commun. D'autres mots ont une histoire...

 

A    B    C    D    E    F    G    H          K    L    M    N   O    P    Q   R    S    T    U    V    W   X   Y   Z

 

A

 

Ancêtre: Ce terme désigne l'être vivant théorique qui a pour descendance un ensemble d'espèces formant un groupe monophylétique. On parle d'ancêtre commun.
Cet être vivant disparu trouve sa place à un noeud.
Les caractéristiques de cet être vivant théorique sont donc déduites d'un arbre phylogénétique. Son portrait est très incomplet: Ils n'est décrit que par les états dérivés partagés exclusivement par le groupe.
Ce terme est un faux ami car il ne doit pas être compris dans son sens courant: une phylogénie n'est pas une généalogie

L'ancêtre ne peut pas être un fossile: La découverte d'un fossile crée de facto un nouveau noeud.

Exemple de la place d'un ancêtre commun dans un arbre.

noeud

L'ancêtre commun à la mésange et au crocodile se place au noeud 3

Adaptation:  Ce terme recouvre deux notions différentes.
Il décrit d'abord un état de fait: Un organisme possède des caractéristiques qui lui permettent de vivre dans un environnement précis. l'ensemble de ces caractéristiques constitue une adaptation à ce milieu.

Ce terme décrit également les mécanismes qui ont mis en place ces caractéristiques.

Stephen Jay Gould in "  

Apomorphie: synonyme d'état dérivé

syn: état dérivé / état évolué 

Arbre: représentation graphique d'une matrice. Un arbre peut être un cladogramme, un phénogramme ou un arbre phylogénétique.

Syn : dendrogramme 

 

B

 

C

 

Clade: Groupe monophylétique

 

Cladistique: Cette méthode a été inventée par l'entomologiste allemand W. Hennig en 1940 . Elle se propose d'établir des liens de parenté entre êtres vivants par le partage exclusif d'états dérivés de caractères homologues. Elle crée donc des groupes ou clades qui ont une signification évolutive.

 

Biographie de W. Hennig

La démarche cladistique

 Cladogramme: représentation graphique traduisant les relations de parenté, établies par application de la méthode cladistique.
Ce n'est pas encore un arbre phylogénétique.

Exemples de cladogramme 

 

 


 

 

D

Dendrogramme: représentation graphique sous forme d'arbre.

 

 


 

E

 

 

Etat ancestral: synonyme d'état primitif. (On lira parfois caractère ancestral, mais il vaut mieux, pour éviter la confusion utiliser le terme "état")

 Syn: plésiomorphie, état primitif

Etat dérivé: Etat d'un caractère résultant d'une innovation génétique. Seuls les états dérivés de caractères homologues sont utilisés en cladistique

 syn apomorphie, état évolué

 Etat évolué: synonyme d'état dérivé. Ce terme présente l'inconvénient d'être connoté  "progrès"

  syn apomorphie, état évolué

Etat primitif: Etat d'un caractère présent chez le groupe externe de référence. Ce mot doit être compris dans son sens originel: "primitif:premier"

Syn:plésiomorphie, état ancestral 

Economie d'hypothèses: Cf parcimonie

 

Extragroupe: taxon choisi à priori, il posséde  les états ancestraux et permet de construire les groupes monophylétiques.

Syn: groupe externe ( Outgroup) 

 

F

 

 

G

 

H

 

Homologie: Concept apparu avec Geoffroy Saint Hilaire. Deux structures sont homologues si elles ont les mêmes connections anatomiques dans le plan d'organisation. elles ont une même origine embryologique. Ces deux structures peuvent apparaître comme différentes dans leur fonction ou/et leur forme. (homologie primaire)
A opposer à analogie/  Homoplasie

 

 Homoplasie: Similitude de forme entre deux caratères non homologues . (Cf convergence, analogie )

 

 

 

 I

 

Innovation: transformation d'un caractère chez un ancêtre, cette transformation est héritée, elle affecte donc le génome.

L'innovation peut se décrire au niveau génétique ou au niveau de l'expression génique .Cette nouveauté évolutive crée alors l'état dérivé du caractère en question.

ce mot est employé différement  du sens commun où l'innovation est associé au progrès.

 

 

 


 

J

 


 

K

 


 

L

 


 

 

M

Matrice: Tableau à double entrées Taxons/ caractères où les états sont précisés (codage: 0 état ancestral et 1 état dérivé ). La matrice permet de construire les cladogrammes, le plus parcimonieux étant validé.

matrice

Exemple de matrice. 

Monophylétique: Se dit d'un groupe contenant un ancêtre commun et tous ses descendants.Un groupe monophylétique est donc caractérisé par une ou des synapomorphies

 Le crocodile et la mésange forment un groupe monophylétique défini par la synapomorphie "présence d'une fenêtre mandibulaire". C'est le groupe monophylétique des Archosauriens

   

 


 

N

 

 Nomenclature:règles déterminant les manières de nommer un être vivant  
 Noeud: Endroit d'un arbre qui se sépare en deux ou plus rameaux. A un noeud, on place l'ancêtre commun aux êtres vivants du rameau.

Exemple de noeuds 

noeud

   

 

 

O

 

P

 

Paraphylétique: se dit d'un groupe d'êtres vivants qui partage un même état dérivés mais qui ne renferme pas tous les taxons partageant cette innovation.

 

paraphyletique

Le lézard et le crocodile  forment un groupe paraphylétique ( Les anciens reptiles ). Le groupe des reptiles pour être valide devrait comprendre la mésange ( les Oiseaux )

Autre exemple de groupe paraphylétique: les Dinosaures si les oiseaux en sont exclus.

Polyphylétique: groupe artificiel qui contient des taxons mais pas tous leurs ancêtres communs

 

Phylum: ensemble de taxons apparentés.

 

Phénétique: méthode d'établissement de phylogénies basée sur le dénombrement des caractères partagés.

La méthode phénétique en détail 

Parcimonie: principe de base permettant de choisir entre les cladogrammes générés d'après une matrice. Le cladogramme retenu est celui qui demande le minimum de pas évolutif c'est à dire le minimum d'hypothèses (= économie d'hypothèses)

 

Plésiomorphe: synonyme d'état ancestral

 Syn: état ancestral primitif

Parenté: deux taxons sont apparentés s'ils partagent de façon exclusive un ancêtre commun.

 

Phylogénie: Mot forgé par Haeckel en 1866. Décrit l'histoire évolutive d'un groupe d'êtres vivants en retraçant l'ordre d'apparition des innovations et les degrés de parenté.

 

Polarisation:  On ne sait pas, à priori, lequel des deux états d'un caractère homologues est l'état dérivé. Ce choix consiste à polariser le caractère.

 

 

 

 


Q

 

 


 

 

R

Résolu: Un arbre est dit résolu quand tous les taxons qu'il contient sont séparés les uns des autres par un noeud. La résolution d'un arbre dépend des caractères choisis.

Certains taxons n'ont pas encore de position phylogénétique clairement définie: la phylogénie est une science en marche..

Exemple d'arbre non résolu

Exemple d'arbre  résolu

 

 

 


 

S

 

Synapomorphie: Etats dérivés exclusifs partagés par deux (ou plus) groupes et qu'ils héritent d'un dernier ancêtre commun. Partage d'apomorphie

 

 Systématique: Science des classifications. la systématique moderne est phylogénétique.

 

 

 

T

 

Taxon: unité de phylogénie, un taxon peut être une espèce, une famille, un ordre... Ce concept évite de créer une hiérarchie entre groupes. Un taxon est donc un groupe monophylétique.

 

 Taxonomie:  science qui étudie les méthodes de classification

 

 


U


V


W


X


Y


Z