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Recherche sur Treebase

 

Un outil indispensable

  Treegraph2.png  Télécharger et installer au préalable un outil de visualisation des arbres au format Nexus. TreeGraph, en Java, est une bonne solution.

 


 Treebase.jpg Recherche sur Treebase

 

1 - Choisir Search TreeBASE

2 - Choisir Trees

3 -  Remplir les champs de recherche comme montré ci-dessous. Cliquer sur Search.

Treebase-Principes-recherche.jpg

 4 - Plusieurs milliers d'arbres sont trouvés (Attendre un peu que tous les affichages aient lieu).

5 - Cliquer sur TreeTitle.jpg pour les ranger par ordre alphabétique.

6 - Repérer l'arbre souhaité (attention au nombre de taxons), par exemple :

PhyloWidget.jpg

American.jpg

7 - Pour visualiser tout de suite (Java doit être installé sur la machine), cliquer sur le numéro de l'arbre (Tr1773 ici). PhyloWidget se lance et visualise l'arbre.

 Résultat-PhyloWidget.jpg

 

8 - Pour visualiser ultérieurement, cliquer sur la première icône text Nexus.jpg dont la légende quand on passe dessus est : Download Reconstructed Nexus File. Le navigateur propose l'enregistrement du fichier (format .nex).

9 - Lancer TreeGraph. Ouvrir un fichier .nex téléchargé.