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Un exemple d'utilisation de Rastop pour afficher un TLR

Par jfmadre — Dernière modification 19/09/2017 09:53

Ouverture du fichier .rsm et affichage de l'image

  • Ouvrir le fichier 3CIY.rsm dans Rastop.
  • Si l'image ne s'affiche pas (version française), cliquer sur le bouton icone_ruban.png.

On obtient l'affichage par défaut choisi dans le fichier .rsm.

3CIY_rsm.png

Le modèle 3d affiché comporte 2 molécules de TLR3 (en bleu) dont seule la partie extracellulaire est représentée, et une molécule d'ARN double-brin, qui si on n'y regarde pas de plus près ressemble à une double hélice d'ADN.

Affichage des séquences

 Utiliser le menu Molécule/Séquence sequence.png  reperage_U.png

Les séquences s'affichent dans une fenêtre. Les 2 brins d'ARN double-brin sont les chaînes C et D. On remarque la présence d'uracile (U) dans les séquences qui sont donc de l'ARN.

En première S, les élèves ont étudié des molécules d'ARN. Ils savent que l'ARN n'est pas normalement double-brin. Ils peuvent ainsi comprendre que ces molécules inhabituelles peuvent servir à détecter la présence de catégories de virus qui possèdent normalement de telles molécules. Cette détection est efficace pour tous les virus de cette catégorie, elle n'est pas dirigée contre un virus particulier comme les réponses adaptatives. On est bien dans le cadre de la réponse innée.

Modification de l'image

 Le fichier .rsm contient le repérage des chaînes de TLR et d'ARN qui peuvent être facilement sélectionnées, pour modifier individuellement leur affichage :

Par exemple, en cliquant sur l'onglet de la boîte utilisateur utilisateur.png on peut sélectionner les 2 brins de l'ARN (on aurait aussi pu n'en sélectionner qu'un).
Attention : Pour devenir effectif, le choix fait dans la liste doit être validé en cliquant sur l'icône "Nouvelle sélection"  nv_selection.png.

Dans l'image ci-dessous, on a choisi une représentation en sphères (spheres.png) et une coloration par forme  : colorer_forme.png

3CIY_rsm2.png