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Visualiser et analyser des séquences protéiques

Cette banque comporte les séquences de récepteurs et molécules effectrices de l'immunité innée et adaptative, ainsi que de protéines virales. Les fichiers compressés (.zip) contiennent des fichiers .pdb (bruts) et des fichiers .rsm 1 où les différentes chaînes ou molécules sont référencées, avec des noms explicites.

 

Banque de séquences :

 

Ressources d'accompagnement :

 

 

 

Récepteurs de l'immunité innée : les Toll-like receptors (TLR)

 

Modèles moléculaires des Toll Like receptors (Fichier TLR.zip)

2Z7X

 Structure de l'hétérodimère TLR1-TLR2. L'association entre les deux TLR est induite par la fixation d'un lipopeptide tri-acetylé (domaines extracellulaires)
A : Toll-like receptor 2 (domaine extracellulaire) ; B : Toll-like receptor 1 (domaine extracellulaire) ; C : lipopeptide.

3FXI

Domaines extracellulaires de 2 TLR4 associés chacun à un Lymphocyte antigen 96 MD-2, qui ensemble reconnaissent des motifs de lipopolysaccharides bactériens.
A : et B : 2 TLR4 ; C et D : 2 MD-2

3CIY

Les Toll-like receptor 3 (TLR3) reconaissent les ARN double-brins (dsRNA), une signature moléculaire de nombreux virus. Ils déclenchent une réponse inflammatoire qui empêche la diffusion du virus.
Les domaines extracellulaires de TLR3 de dimérisent au contact d'oligonucléotides d'au moins 40 à 50 paires de bases.
A et B : les deux exemplaires de TLR3. C et D les 2 brins de l'ARN viral.

2J67

Structure cristallisée du domaine cytoplasmique du toll-like receptor 10 (TLR 10). Ce domaine ressemble beaucoup au domaine intracellulaire des récepteurs à l'interleukine 1 (TIR) qui sert à la transduction du signal en recrutant une protéine adaptatrice.
Les 2 exemplaires A et B sont associés ils correspondent aux acides aminés 628 à 776 (A) ou 630 à776 (B) de la molécule.

 

Modèles moléculaires des Toll Like receptors (Fichier TLR2.zip)

 

3V47

Zebrafish

TLR5 : domaine N-terminal extracellulaire dimérisé (reconnaissance de la flagelline bactérienne)
Les TLR5 ainsi rapprochés forment un dimère, ce qui conduit au déclenchement d'un signal intracellulaires responsable de l'activation du facteur de transcription NF-κB
C et D = antigène

3W3G Homo sapiens TLR 8 (dimérisé) Crystal structure of human TLR8 (unliganded form)
- ligand Beta-d-mannose C6 H12 O6
- ligand (R,R)-2,3-butanediol C4 H10 O2
- ligand N-acetyl-d-glucosamine C8 H15 N O6
Ces trois ligands n'entrainent pas la dimérisation du récepteur
3W3J Homo sapiens TLR 8 (dimérisé) + changement de conformation suite à la fixation du ligand CL097

 

Séquences protéiques des TLR(s) (Fichier TLR.edi)

S.BEAUDIN et M.NASPETTI

Origine et référence des données (NCBI) Espèce et nom du récepteur Protéine Nbre aa
AFU 48614.1 Mytilus galoprovincialis
TLRB
1189 aa
TIR domaine
ADV 163851 Crassostrea gigas
TLR1
1179 aa
AGY 49097.1 Crassostrea gigas
TLR3
876 aa
ABC73693.1 Azumapecten farreri
Toll Receptor
1198 aa
AAF18983.1 Drosophila melanogaster
Tollo
1346 aa
NP524081.1 Drosophila melanogaster
Toll6
1514 aa
NP001020983 C elegans
Tol-1
1221 aa
AAX 33677.1 Apis melifera
Toll like receptor
1370 aa
AAK 25761.1 Strongylocentrotus purpuratus
TLR1.1(oursin violet)
894 aa
AAK 25762.1 Strongylocentrotus purpuratus
TLR1.2 (Oursin violet)
933 aa
ABC86910.1 Homo sapiens
TLR3
904 aa
Domaine extracellulaire riche en leucine
BAA78631.1 Homo sapiens
TLR6
796 aa
AAQ88663.1 Homo sapiens
TLR8
1041 aa
EDL31078.1 Mus musculus
TLR4
835 aa
BAA78632.1 Mus musculus
TLR6
806 aa
AAI32055.1 Mus musculus
TLR8
1032 aa
en cours Xenopus
TLR4
 
AED95221.1 Arabidopsis Thaliana
TIR-NBS-LRR
1217 aa

 

Récepteurs de l'immunité adaptative : immunoglobulines et récepteurs T

 

Séquences protéiques d'immunoglobulines Modèles moléculaires d'immunoglobulines
 
 

iggtotal.edi

Séquences en acides aminés des quatre chaînes d'un anticorps spécifique du lysozyme du blanc d'oeuf de poule

Fab-Ac-anti-influenza.edi

Séquences en acides aminés des chaînes lourdes et légères des Fab de différents anticorps spécifiques d'antigènes des différentes souches du virus Influenza

  
 

 

IGGTOTAL.pdb

Anticorps humain, spécifique du lysozyme du blanc d'oeuf de poule. C'est une construction à partir des données de diffraction X des fragments Fc et Fab (chaînes lourdes : H et I ; chaînes légères L et M)

1FDL.pdb

Fragment Fab d'un anticorps de souris lié à son antigène, le lysozyme du blanc d'oeuf de poule (portion de chaine lourde : H ; chaine légère : L ; lysozyme : Y)

2VIS.pdb  

Fab d'un anticorps de souris (chaîne lourde : B ; chaîne légère : A) spécifique de la sous-unité HA1 de l'hémagglutinine d'une souche A/H3N2 du virus Influenza (chaîne C)

4HKX.pdb
 

Fab de l'anticorps CH67 humain (chaîne lourde : A ; chaîne légère : B ) spécifique de la sous-unité HA1 de l'hémagglutinine d'une souche A/H1N1 du virus Influenza (chaîne E)

4FQJ.pdb

Fab de l'anticorps CR8071 humain (chaîne lourde : H ; chaîne légère : L) spécifique de la sous-unité HA1 de l'hémagglutinine d'une souche B du virus Influenza (chaîne E)

4MHH.pdb

Complexe immun associant 3 Fab de l'anticorps humain H5M9 (chaînes légères : I, K et L ; chaînes lourdes : G, H et J) spécifiques de l'hémagglutinine d'une souche A/H5N1 du virus Influenza, ici sous sa forme trimérique (sous-unités HA1 : chaînes A, C et E ; sous-unités HA2 : chaînes B, D et F)

 
  

 

 

Autres modèles moléculaires d'anticorps complets ou incomplets

 

1IGT

Structure d'un anticorps monoclonal de souris intact. Noter la forme dissymétrique inhabituelle (par rapport aux représentations usuelles) qui montre la plasticité de la molécule.

A et C : chaines légères. B et D : chaines lourdes.

1IGY

Structure d'un anticorps monoclonal de souris intact. Noter ici aussi la forme dissymétrique.

A et C : chaines légères. B et D : chaines lourdes.

3RY6

Fragment constant (Fc) d'un anticorps fixé sur un récepteur CD32 de leucocyte.
Fragments constants (Fc) des chaines lourdes : A et B ; CD32 : C

 

Modèles moléculaires de fragment Fab d'anticorps anti-VIH (Fichiers pdb et rsm IGG-SIDA-3D.zip ; fichiers .rsm seuls IGG_SIDA_RSM.zip)

 

1AFV

Deux fragments Fab reconnaissant deux antigènes p 24 
A : portion de la protéine virale p 24 (résidus 1-151) liée à l'anticorps 1 (H : chaine lourde, L : chaine légère) ; B : antigène p 24 lié à l'anticorps 2 (K : chaine lourde, M : chaine légère)

1ACY

Fragment Fab d'un anticorps anti-VIH, lié à un épitope de la glycoprotéine gp120
P : portion de la glycoprotéine virale gp 120 (résidus 308-332) liée à l'anticorps (H : chaine lourde, L : chaine légère)

1E6J

Fragment Fab d'un anticorps anti-VIH, lié à la protéine p 24 
P : portion de l'antigène p 24 (résidus 142-351) liée à l'anticorps (H : chaine lourde, L : chaine légère)

1F58

Fragment Fab d'un anticorps anti-VIH, lié à un épitope (différent de celui du fichier 1ACY) de la glycoprotéine gp120
P : portion de la glycoprotéine virale gp 120 (résidus 308-332) liée à l'anticorps (H : chaine lourde, L : chaine légère)

1E6O

Fragment Fab d'un anticorps anti-VIH spécifique de la protéine p24 
(H : chaine lourde, L : chaine légère)

1NLD

Fragment Fab d'un anticorps anti-VIH spécifique de la gluycoprotéine gp41 
(H : chaine lourde, L : chaine légère)

2NXY

Fragment Fab d'un anticorps anti-VIH, lié à un épitope de la glycoprotéine gp120 elle-même associée à CD4
A : gp 120 ; B : CD4 ; C : Fab, chaîne légère ; D : Fab, chaîne lourde

 

 Récepteurs T de lymphocytes humains

 

Séquences protéiques de chaînes de récepteurs T humains Modèles moléculaires de récepteurs T humains
Dans le fichier tcr-seq.edi se trouvent les séquences ci-après :
 

alpha1A07TCR.pro
bêta1A07TCR.pro

Séquences des deux chaînes d'un récepteur T reconnaissant un peptide viral issu du virus HTLV-1 (Virus T-lymphotropique humain)

alpha1BD2TCR.pro
bêta1BD2TCR.pro

Séquences des deux chaînes d'un récepteur T reconnaissant un autre peptide viral issu du virus HTLV-1.

alpha1QSFTCR.pro
bêta1QSFTCR.pro

Séquences des deux chaînes d'un récepteur T reconnaissant un autre peptide viral issu du virus HTLV-1.

alpha1J8HTCR.pro
bêta1J8HTCR.pro

Séquences des deux chaînes d'un récepteur T reconnaissant un peptide viral issu du virus de la grippe.

  
 


Dans le dossier [TCR-3D] se trouvent les modèles ci-après :

1A07.pdb 

Récepteur T associé  à un peptide viral issu du virus HTLV-1 et une molécule du CMH.

1BD2.pdb

Récepteur T associé  à un autre peptide viral issu du virus HTLV-1 et une molécule du CMH

1QSF.pdb  

Récepteur T associé à un autre peptide viral issu du virus HTLV-1 et une molécule du CMH.

1J8H.pdb
 

Récepteur T associé à un peptide viral issu du virus de la grippe et une molécule du CMH.

 

NB : les modèles 1B2, 1QSF et 1A07 comportent une microglobuline bêta 2. Il s'agit d'un composant des molécules du CMH de classe I. 

  

 

 

Modèles moléculaires de récepteur de cellule NKT (Natural Killer T-cell

 

3HUJb Récepteur NKT de cellule NK qui reconnaît un galactosylceramide présenté par un marqueur CD1 de surface d'un lymphocyte.
C :CD1d  ; D : Béta-2 microglobuline ; récepteur NKT (E : chaîne alpha et F chaine béta). Dans le fichier 3HUJb.rsm, le galactosylceramide est répertorié sous le nom de AGH.
(Remarque : le fichier d'origine 3HUJ.pdb comportait 2 assemblages semblables dont un a été effacé dans le fichier fourni ici 3HUJb, pour simplifier).

 

Molécules effectrice de l'immunité adaptative : la perforine

 

Modèle moléculaire de la perforine (Fichier 3NSJ.zip)
3NSJ

 Perforine. Structure déterminée par diffraction des rayons X. La molécule comporte une seule chaîne.

 

 

Modèles moléculaires de protéines virales

 

  • GP120 du VIH (associé au CD4 d'un lymphocyte) fichier 2NXYb.rsm dans l'archive IGG_SIDA_RSM.zip. (fichier 2NXY.rsm dans lequel l'anticorps a été masqué).
  • Protéines L1 du HPV (utilisées pour la création d'un vaccin de type VLP)
  • Protéines du virus H5N1 (impliquées dans le risque de pandémie de grippe aviaire)

 

1 Les fichiers .rsm s'ouvrent avec le logiciel Rastop. Avec la version française, après avoir chargé le fichier .rsm, il faut cliquer sur l'icône icone_ruban.png pour faire apparaître l'image. Le bug a été corrigé dans la version 2.2 (en anglais).