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Netlogo-modèle HIVSIM

Par pothet — Dernière modification 01/10/2015 15:02
 


1. Présentation de l'outil
2. Suivi de l'évolution des divers acteurs  lors d'une infection par le VIH
3. Modification du paramétrage avant simulation pour mettre en évidence le rôle des acteurs de l'immunité et leurs interactions

 

1. Présentation de l'outil

Le modèle HIVSIM permet de simuler la mise en oeuvre des différentes composantes de la réponse immunitaire à médiation humorale et cellulaire lors de la lutte contre le VIH. Ce faisant, il offre une visualisation dynamique de l'évolution des acteurs cellulaires et moléculaires au cours d'une réponse immunitaire, en temps réel.

L'utilisateur peut :

- avant de lancer la simulation, jouer sur différents paramètres (Ep = cellules épithéliales, nombre de Th (naïfs, mémoire et effecteurs), nombre deTc (naïfs, mémoire et effecteurs), nombre de LB (naïfs, mémoire et plasmocytes), degré d'infectivité des particules virales : probabilité pour qu'une particule virale infecte une cellule à son contact) puis observer des graphiques de résultats une fois que la simulation est lancée ;

- en cours de simulation, il est possible (en utilisant le cadre "Command center" en bas et à gauche de l'écran) de :
--> simuler une infection (choix de nombre de récepteurs et peptides viraux, choix du nombre de virions, choix de burst ?, choix du taux de réplication virale, choix du nombre de nouvelles particules virales à introduire)
--> simuler une thérapie par utilisation d'anticorps (choix de leur nombre et de leur spécificité)
--> simuler une thérapie par utilisation de produits anti-rétrovirus (choix d'un nombre, choix de la probabilité pour qu'ils inactivent un virus)

Voir l'interface de HIVSIM pour repérer les différentes zones "de paramétrage" et "de visualisation"
 

 

2. Suivi de l'évolution des divers acteurs lors d'une infection par le VIH : "simulation 1"
Paramétrage de la modélisation Evolution observée
Accepter par défaut les paramètres suivants :
num B = 50
num Tc=50
num Ep=500
ctlRate=0.850
infectivity = 0.070
num Th =50
num Apc = 50
num Hiv = 50
neut Rate = 0.109
AICD = 0.11
- tendance à l'élévation de la charge virale (courbe rouge), par "paliers"
- augmentation sensible du nombre de Th (courbe noire)
- augmentation synchrone du nombre de LB et de la quantité d'anticorps
- légère augmentation du nombre de Tc (courbe bleue)

Voir les graphes obtenus lors de la modélisation


 

3. Modification du paramétrage avant simulation pour mettre en évidence le rôle des acteurs de l'immunité et leurs interactions

 

Paramétrage de la modélisation Modifications observées par rapport à la "simulation 1" servant detémoin Notions qu'on peut construire
Supprimer les LB

- élevation sévère de la charge virale
- absence de production d'anticorps 

Voir les graphes obtenus lors de la modélisation

Les LB sont impliqués dans la production des anticorps
Supprimer les Th

- élevation sévère de la charge virale
- absence de production d'anticorps 

 Voir les graphes obtenus lors de la modélisation

Les Th sont indispensables au déclenchement de la production d'anticorps
Supprimer les Tc

- élevation sévère de la charge virale malgré la présence de LB et d'anticorps

Voir les graphes obtenus lors de la modélisation

Les Tc lorsqu'il sont présents contribuent à limiter l'élevation de la charge virale : ce sont des effecteurs de la réponse immunitaire dirigée contre le VIH.