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Vous êtes ici : Accueil / Thématiques / Microbes, Immunité et Vaccination / Dossiers thématiques / Monde microbien / Le microbiote dans le cadre du nouveau programme de Seconde (rentrée 2019) / Les variations de la composition du microbiote - démarche simplifiée avec NetBioDyn

Les variations de la composition du microbiote - démarche simplifiée avec NetBioDyn

Par Aurélien Schwob, publié le 12/07/2019, mise à jour le 02/09/2019
Proposition de démarche pédagogique guidée pas à pas, pensée pour minimiser les manipulations des modèles de simulation NetBioDyn

Une proposition d'activité autour de l'influence de l'alimentation (présence de fibres) sur le microbiote

Cette activité reprend la même démarche détaillée dans l'activité initiale, mais l'utilisation du logiciel NetBioDyn est simplifiée par l'exploitation de quatre versions différentes du modèle, dans lesquelles quatre combinaisons des entités "résidus_xx" (représentant chacune les résidus d'aliments riches en fibres -céleri, fraise, noix- et pauvres en fibres -éclair et bavette) sont déjà proposées par défaut. Ces quatre versions du modèle permettent ainsi de tester quatre régimes alimentaires qui diffèrent par leur richesse en fibres alimentaires.

Les versions du modèle fournies sont les suivantes : NCF.ncd (régime noix, céleri, fraise), NCE.nbd (régime noix, céleri et éclair), NBE.nbd (régime noix, bavette et éclair) et BE.nbd (régime bavette et éclair). L'utilisation du logiciel est ici réduite à faire tourner le modèle et à en extraire des informations, en suivant ce protocole détaillé.

Il est proposé à l'élève de compléter un tableur numérique avec les résultats obtenus, de manière à mettre en évidence par un graphique l'impact de l'alimentation sur l'abondance du microbiote.

Un exemple de résultats est disponible, à partir duquel on peut extraire des graphiques de ce type (cliquer sur l'image pour l'afficher en taille réelle) :

Ces résultats étant le fruit (riche en fibres !) de simulations, ils diffèrent d'un essai à l'autre, et donc d'un élève à l'autre. Cette variabilité sera intéressante à discuter lors d'une éventuelle mise en commun des résultats des élèves.

Une proposition d'activité autour de l'influence de la prise d'antibiOTiques sur le microbiote

Cette activité reprend la même démarche détaillée dans l'activité initiale, mais l'utilisation du logiciel NetBioDyn est simplifiée par l'exploitation de quatre versions différentes du modèle dans lesquelles quatre quantités différentes de l'entité "antibiotique" ont été introduites par défaut, permettant de tester quatre doses croissantes d'antibiotiques.

Les versions du modèle fournies sont les suivantes : antibiotique0.nbd, antibiotique+.nbd, antibiotique++.nbd et antibiotique+++.nbd. L'utilisation du logiciel est ici réduite à faire tourner le modèle et à en extraire des informations, en suivant ce protocole détaillé.

Il est proposé à l'élève de compléter un tableur numérique avec les résultats obtenus, de manière à mettre en évidence par un graphique l'impact de la prise d'antibiotiques sur l'abondance du microbiote.

Un exemple de résultats est disponible, à partir duquel on peut extraire des graphiques de ce type (cliquer sur l'image pour l'afficher en taille réelle) :

Ces résultats étant le fruit de simulations, ils diffèrent d'un essai à l'autre, et donc d'un élève à l'autre. Cette variabilité sera intéressante à discuter lors d'une éventuelle mise en commun des résultats des élèves.