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Vous êtes ici : Accueil / Thématiques / Neurosciences / Outils numériques / Nouveau logiciel : ÉduAnat2 et AnaPéda / RENOMMER LES IMAGES DE LA BANQUE ANAPEDA : APPLICATION

RENOMMER LES IMAGES DE LA BANQUE ANAPEDA : APPLICATION

Par jcartier sbeaudin — Dernière modification 04/06/2020 08:36

LA NOUVELLE BANQUE D’IMAGES : ANAPEDA

EduAnatomist et EduAnat2 ne sont jamais que des visualiseurs, c’est-à-dire des logiciels permettant d’afficher et de manipuler des images. Encore faut-il avoir des images. Depuis sa création l’équipe ACCES Neurosciences s’emploie à identifier puis récupérer des images présentant un intérêt pédagogique. Celles-ci sont regroupées dans une banque téléchargeable gratuitement. Mais, EduAnat2 n’utilise pas le même format d’images qu’EduAnatomist : ce dernier ouvre des fichiers au format Analyze, tandis que le premier est adapté au format NIFTI compressé. Il a donc été nécessaire de constituer une nouvelle banque. Celle dévolue à l’ancien logiciel s’appelait NEUROPEDA, parce qu’elle renfermait uniquement de la neuroimagerie. Puisque la nouvelle réunit des IRM anatomiques, des IRM fonctionnelles, des scanners et de la TEP de toutes les parties du corps, humain ou animal, elle a été baptisée ANAPEDA.

Certains se souviennent sans doute que la version téléchargeable de NEUROPEDA ne contenait pas toutes les images disponibles au téléchargement en ligne via le logiciel. Une situation particulièrement frustrante lorsqu’une faible connexion internet empêchait l’utilisation de cette fonctionnalité. Il était certes possible de récupérer ces images mais au prix d’une manipulation requérant quelques compétences en informatique. Ce problème ne se pose plus puisque ANAPEDA renferme la totalité des images exploitables par EduAnat2. Et cela sans que la taille de la banque ne devienne incompatible avec un téléchargement rapide, puisqu’elle reste pour l’heure inférieure à 450 Mo.

En revanche, la fonction permettant de télécharger une image en ligne a disparu. C’est un choix que justifie l’architecture de la banque. En effet, l’architecture de la nouvelle banque ANAPEDA n’a pas vocation à être manipulée par des élèves. Il suffit pour s’en convaincre de regarder la dénomination des images, par exemple « IRMmoyenne8sujets131332VisionCouleurs.fonc.nii.gz ».

La complexité apparente de l'arborisation de la banque ANAPEDA n'est en fait que le résultat de l'organisation des images selon une classification JAHE des sciences de la vie à des fins d’indexation. Chaque image s’y trouve indexée avec une référence à la technique d’imagerie employée (IRM, SCAN, ...), le numéro d’identification du sujet étudié, ainsi que certains critères descriptifs (fonctionnelle, anatomique, comparaisons interspécifiques).

Cette incroyable complexité est rendue nécessaire par le fait qu’il s’agit d’un outil d’indexation. Surtout, le chemin d’accès vers une image ne peut que désorienter les élèves dès lors qu’il implique de naviguer dans une multitude de dossiers emboités.

RENOMMER LES IMAGES : UN PRÉALABLE À LEUR UTILISATION PÉDAGOGIQUE

Il appartient au professeur de sélectionner en amont de sa séance la ou les images qu’il souhaite exploiter, de les renommer simplement et enfin de les mettre à disposition de la classe, via le réseau de l’établissement (sous IACA, par exemple, cette opération ne prend pas plus d’une minute).

Une seule précaution s'impose au moment de renommer les images. Pour ne pas se tromper on doit d’abord apprendre à distinguer les 3 types de fichiers que renferment ANAPEDA :

  • les images anatomiques reconnaissables au fait que leur nom se termine par l’extension « .anat.nii.gz »
  • les calques fonctionnels dont le nom se termine par l’extension « .fonc.nii.gz »
  • les volumes 3D dont le nom se termine par l’extension « .stl »

 

Capture d’écran des trois types de fichiers se rapportant à une IRM fonctionnelle

 

Lorsqu’on renomme une image anatomique il faut attribuer exactement le même nom au fichier codant le volume 3D. Dans le cas contraire le volume tridimensionnel ne s’affichera pas, sans pour autant empêcher l’observation des trois plans de coupes. On notera qu’à la différence de son prédécesseur, le logiciel EduAnat2 supporte l'ouverture de noms de fichiers contenant des accents.

 

Exemples de changements de noms des fichiers

 

Pour la même raison les métadonnées associées à chaque image (noms et qualités des auteurs, type d’imageur, protocole d’acquisition, seuil de réglage, exemples d’exploitations pédagogiques) ne sont plus disponibles via le logiciel. S’il peut sembler contraignant de devoir aller rechercher sur le site ACCES les images et les informations qui s’y rapportent, cela garantit une véritable liberté pédagogique. Car l’enseignant doit conserver la main sur la dénomination des images et les métadonnées fournies aux élèves, de façon à pouvoir adapter ce matériel à sa démarche, par exemple en présentant une IRM comme étant celle d’un patient dont on recherche la cause de la paralysie, sans qu’il apparaisse dans le nom de l’image le terme « AVC », et à ses contraintes pédagogiques : temps imparti à l’activité, niveau des élèves, etc.

DROITS D'AUTEUR

Les images ont été gracieusement fournies par des laboratoires de recherches et des hôpitaux, conformément au Règlement général sur la protection des données (RGPD) et au Code de la santé publique relatif au droit au respect de la vie privée du patient et du secret des informations le concernant.

Cette mise à disposition de données scientifiques ou médicales est conditionnée à leur stricte utilisation dans un but éducatif et non lucratif. Elles sont, dans ce cadre, exemptes de tout droit pour téléchargement, utilisation en classe, reproduction, impression ou intégration dans un document web, à condition de citer les auteurs.