RASMOL - MINIDOC

Langage de commande

RASMENU seul est traduit en français ce qui permet d’activer la majorité des traitements nécessaires. Cependant, toutes les commandes, même si elles ne figurent pas dans un menu, peuvent être introduites, en anglais seulement, à partir de l’éditeur de RASMOL (fenêtre RASMOL command line) ou de la ligne réservée à l’édition dans RASMENU (exemple ci-dessous: restrict hem affiche à l'écran le hème seul).
 

Il est plus simple d’utiliser les commandes plutôt que les menus dans certains cas.

- Pour extraire une partie de la molécule

Utiliser restrict qui limite l’affichage à une sélection donnée. La syntaxe est : restrict suivi d’un objet reconnu par RASMOL . Les atomes non sélectionnés de la molécule ne sont pas effacés pour autant et sont accessibles par sélectionner tout.

Exemples : restrict *A affiche à l’écran ce qui appartient à la chaîne A si celle-ci existe ; restrict 1-10 affiche uniquement les 10 premiers acides aminés.

Pour créer un fichier limité à la chaîne A, restreindre l’affichage à A et enregistrer sous un nom avec l’extension .pdb : A.pdb par exemple. L’enregistrement se fait dans le répertoire de travail de RASMOL.

- Pour mettre en évidence les atomes situés dans un périmètre donné

Utiliser within qui sélectionne tous les atomes situés à une distance donnée d'une chaîne, d’un motif, d'un résidu ou d’un atome spécifié. La syntaxe est : within(distance,objet) (sans espace entre within et la première parenthèse) où distance représente le rayon, et objet l’élément à partir duquel limiter la sélection.

Le rayon peut être exprimé de deux manières : en Å (exemple : within(4.0,val6) sélectionne les atomes situés dans un rayon de 4 Å, autour de val6 (val6 inclus) si val6 existe) ou en unités plus petites (unités de 0.004 Å) : exemple within(1000,val6).

- Pour colorer facilement des éléments choisis

Utiliser color. La syntaxe est : color suivi du nom d’un objet à colorer et du nom d’une couleur (liste en fin de chapitre). Si color n’est suivi d’aucun nom d’objet, ce sont tous les éléments sélectionnés qui sont colorés avec la couleur spécifiée.

- Pour inclure ou exclure

Utiliser les opérateurs logiques : and (et) or (ou) et not (non).

L’utilisation de ces opérateurs peut être associée à toute commande : par exemple, si la molécule est composée de trois chaînes notées A, B et C, restrict *A or *B sélectionne tous les éléments appartenant à la chaîne A ou à la chaîne B. On obtient la même chose si on tape restrict not *C.

- Réaliser des coupes dans la molécule

Utiliser slab. La syntaxe est slab suivi d’une valeur exprimée en % (0 correspond au plan le plus éloigné de l’observateur et 100 au plan le plus proche). Exemple : slab 50. La coupe est réalisée parallèlement au plan de l’écran et montre les atomes situés entre le plan désigné et l’atome le plus éloigné de la molécule.