On dispose de deux logiciels pour le traitement des séquences des gènes homéotiques :

- SeqaidII : ce logiciel gratuit est déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences.
Mini-site dédié à SEQAIDII (Prise en main, thèmes d'études et données diverses).

- Anagène : logiciel sous windows diffusé par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.