Une comparaison plus précise permet d'évaluer le nombre de différences (ou le nombre de similitudes) entre ces molécules protéiques, ou nucléiques). Les résultats sont présentés dans une matrice :

Les parentés entre ces gènes (ou entre ces protéines) peuvent alors être précisées an appliquant le principe suivant : plus il y a de similitudes et plus la parenté est grande :