Mise
à jour 22/11/2001
Glossaire
Histoire
Questions
Téléchargements
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09/01/2002 Attention :
Mettez à jour vos données. Corrections
effectuées dans les fichiers seqP53.zip et thmP53.zip
Logiciels
Pour l'exploitation de ces séquences, on peut utiliser les logiciels
SEQAIDII
(gratuit, sous DOS, téléchargement,
installation et prise en main sur Biogéo) ou Anagène
(sous Windows, commercialisé par le CNDP, version de démontration
téléchargeable).
Données moléculaires
Toutes les données sont dans des fichiers compactés.
Attention : certains fichiers compactés
contiennent d'autres fichiers également compactés.
Classe de seconde
Mutation somatique et mutation germinale
P53. Exemple du cancer
-
Pour SEQAIDII :
dans le répertoire du logiciel, créer un sous-répertoire
CANCER, par exemple, et y décompacter le fichier contenant les séquences.
- Séquences isolées
de chaque allèle des cellules normales ou cancéreuses (ADN
brin non transcrit)
seqP53.zip (contenant les sous-répertoires
f1lif, f2foie, reffoie, reflifrau, refoeso, refp53 )
- Images des arbres généalogiques : famille1.gif
(Syndrome de Li-Fraumeni) et famille2.gif
(cancer du foie)
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Pour Anagène : dans le répertoire
"Sauve" du logiciel Anagene, créer un sous-répertoire CANCER,
par exemple, et y mettre les fichiers à télécharger
:
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Séquences : fichier thmP53.zip,
à
décompresser et contenant les fichiers:
- F1LiF.edi et F2Foie.edi : séquences
des allèles du gène P53 des individus des familles 1 et 2
- CancerLiFrau.edi : séquences
des allèles du gène P53 des cellules normales et des cellules
cancéreuses d'un individu atteint du syndrome de LiFraumeni (mutation
germinale)
- CancerFoie.edi : séquences des
allèles du gène P53 des cellules normales et des cellules
cancéreuses d'un individu atteint d'un cancer du foie (mutation
somatique)
- refP53.edi : séquences de référencede
l'allèle normal et des allèles mutés du gène
P53 utilisés dans ce dossier
- CancerOeso.edi : séquences des
allèles du gène P53 des cellules normales et des cellules
cancéreuses d'un individu atteint d'un cancer de l'oesophage (mutation
somatique)
Images des arbres
généalogiques : famille1.gif (Syndrome de Li-Fraumeni)
et famille2.gif (Cancer du foie)
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-
Intégrer les thèmes fournis dans
une liste de thèmes personnels
- Avec Anagène, Ouvrir un thème d'étude
(fichier .thm dans le répertoire CANCER s'il a été
créé)
- Choisir Enregistrer, puis Thème d'étude
- Ajouter un utilisateur, en fait un dossier regroupant des
thèmes, et lui donner un nom en clair
- Ajouter un thème et lui donner un nom en clair
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Classe de seconde
Xeroderma : un exemple de mutation somatique
Données moléculaires
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Pour SEQAIDII :
dans le répertoire du logiciel, créer un sous-répertoire
xeroderma, par exemple, et y décompacter le fichier contenant les
séquences.
Chaque fichier compacté contient un ensemble de fichiers correspondant
chacun à une séquence.
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xpa_adn.zip
: les séquences du gène XPA normale et mutées (brin
non transcrit)
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xpa_prot.zip
: les séquences polypeptidiques correspondantes
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Pour Anagène : dans le répertoire
du logiciel, créer un sous-répertoire xeroderma, par exemple,
et y décompacter les fichiers contenant les thèmes
qui permettent le chargement global des séquences (Noter
: les séquences isolées au format
de SEQAIDII sont aussi reconnues par Anagène).
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thmXPA.zip : contient le fichier
xpa-mut.edi (les séquences nucléiques, brin non transcrit)
et xpa-prot.edi (les séquences protéiques correspondantes).
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