Immunologie - SIDA
SIDA 
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Démarches pédagogiques

Les Récepteurs T : support de la spécificité de reconnaissance des lymphocytes T

Prérequis 

  • L''infection par le virus du SIDA se traduit, lors de la phase asymptomatique, par l'apparition dans le sang de lympocytes T cytotoxiques spécifiques dirigés contre les cellules infectées par le virus.
  • Les cellules infectées expriment à leur surface des fragments peptidiques issus des protéines du pathogène que n'expriment pas les cellules saines.
  • Les lymphocytes T, par leurs récepteurs T spécifiques, reconnaissent les cellules infectées et participent donc à la surveillance du milieu intracellulaire.
Problématique

On recherche ce qui, dans la structure d'un récepteur T, explique sa capacité à se lier spécifiquement au fragment peptidique issu des protéines du pathogène.

Objectifs

  • les récepteurs T sont des protéines membranaires constituées de deux chaînes peptidiques. Chaque chaîne possède une partie constante et une partie variable
  • la spécificité des récepteurs T est due à la partie variable des deux chaînes peptidiques 
Pistes d'exploitation
 
1 - Etude de l'organisation générale d'un récepteur T 
Fichiers à utiliser / Actions
Notion(s) construite(s)
Logiciel Rastop
Fichier TCR-3D.zip
Fichier 1BD2b.pdb 

Coloration par chaîne

 

Un récepteur T est constitué de 2 chaînes polypeptidiques, la chaîne alpha et la chaîne bêta. 

Voir la visualisation 3D du TCR

Voir le script chime

Logiciel Anagène
Fichier tcr-seq.edi

Comparaison simple des chaînes bêta et alpha d'un récepteur T 

Les séquences d'acides aminés des chaînes d'un récepteur T sont différentes

Voir la comparaison deux à deux des séquences peptidiques des deux chaînes

À ce stade on arrive à un premier schéma simple d'une molécule de récepteur T, qui ne permet pas d'expliquer la spécificité 

2 - Comparaison des séquences polypeptidiques de différents récepteurs T
Fichiers à utiliser/ Actions
Notion(s) construite(s)
Logiciel Anagène
Fichier tcr-seq.edi

Comparaison des chaines alphas entre elles ; comparaison des chaînes bêtas entre elles

Les chaînes polypeptidiques de différents récepteurs T possèdent une région constante (dont la séquence d'acides aminés est identique d'un récepteur T à l'autre) et une région variable (dont la séquence d'acides aminés diffère d'un récepteur T à l'autre). La région variable est constituée par les acides aminés situés en position 1 à 115 dans les chaînes alphas, et par les acides aminés situés en position 1 à 106 dans les chaînes bêtas.

Voir le résultat de l'alignement effectué avec Anagène

Voir le résultat de la comparaison effectuée avec la fonctionnalité "dot plot" d'Anagène 2 

3 - Etude de la position des régions variables au niveau de la structure tridimensionnelle du récepteur T
Fichiers à utiliser/ Actions
Notion(s) construite(s)
Logiciel Rastop
Fichier TCR-3D.zip
Fichier TCR1BD2b.pdb

Coloration sélective des acides aminés 1 à 115 des chaines alphas et 1 à 106 des chaînes bêtas

Les régions variables sont situées à l'extrémité des deux chaînes alpha et bêta

Voir le résultat de la coloration sélective

Voir script chime

Hypothèse : la spécificité des récepteurs T est dûe à la partie variable

Conséquence vérifiable : Si cela est vrai, alors l'association du peptide viral présenté par la cellule infectée au récepteur T doit se faire au niveau de la partie variable du récepteur T 

4 - Observation de complexes récepteurs T-antigènes
Fichiers à utiliser/ Actions
Notion(s) construite(s)
Logiciel Rastop
Fichier TCR-3D.zip
Fichiers TCR1A07.pdb, TCR1BD2.pdb

Coloration sélective des acides aminés 1 à 115 des chaines alphas et 1 à 106 des chaînes bêtas d'un récepteur T lié à son peptide viral présenté

On repère, pour chaque complexe récepteur T/ peptide viral présenté, un "contact" entre la zone variable et le peptide viral présenté: la reconnaissance spécifique se fait donc bien au niveau de la zone variable. 

Voir le résultat de la coloration sélective

Voir le script chime 


Institut national de recherche pédagogique