Le schéma ci-dessous montre l'organisation génétique de l'HIV-1.

Les différentes protéines codées par le génome viral ont été identifiées et l'on connaît la fonction d'un grand nombre d'entre elles. Le tableau ci-après indique les produits d'expression des divers gènes du génome viral et leurs fonctions :
 

Gène	Protéine produite	Fonction de la protéine
gag : code pour les protéines de la nucléocapside	p17	forme la couche protéique externe du core
	p24	forme la couche protéique interne du core
	p9	est un composant du core
	p7	se lie directement au RNA génomique
env : code pour les glycoprotéines de l'enveloppe	gp41	est une protéine membranaires associée à gp 120 et nécessaire à la fusion
	gp 120	fait saillie au niveau de l'enveloppe et se lie au CD4
pol : code pour des enzymes	p64	a une activité de transciptase inverse et une activité de RNase
	p51	a une activité de transciptase inverse
	p10	est une protéase qui clive le précurseur des protéines codées par le gène gap
	p32	est une intégrase
vif	p23	est à l'origine du pouvoir infectieux de la particule virale
vpr	p15	active faiblement la transcription de l'ADN proviral
tat	p14	active fortement la transcription de l'ADN proviral
rev	p19	permet l'exportation des ARNm du noyau
nef	p27	augmente la réplication virale ; diminue le nombre de cellules hôte
vpu	p16	est nécessaire à un assemblage viral efficace et au bourgeonnement