On effectue une coloration sélective des acides aminés 1 à 115 des chaines alpha et des acides aminés 1 à 106 des chaines bêta, sur des molécules 3D de TCR complexés à leur antigène spécifique. Les atomes des régions colorées sélectivement sont représentés par des sphères rouges dans le cas des chaines alpha et par des sphères jaunes dans le cas des chaines bétâ. 

On s'aperçoit ainsi que, quel que soit le complexe antigène-TCR observé, les régions variables des chaines alpha et bêta sont les régions du TCR en vis-à-vis d'une région de l'antigène spécifique.