Sur une molécule d'IgG totale, on peut mettre en évidence les résultats et conclusions obtenues tout au long de ce travail, et faire établir par l'élève un schéma bilan, en lui faisant positionner lui même les Antigènes.

On travaillera sur la molécule d'IgG totale dont on dispose (IgGtotale), et on rajoutera l'antigène correspondant à cet IgG (lysozyme).

Le protocole suivant permet de réaliser le schéma bilan :

1. Ouvrir le fichier de molécule : Fichier - Ouvrir - IgGtotal.pdb
2. Colorer par chaîne : Atomes - Colorer par - Chaînes
3. Afficher en squelette carboné : Rubans - Type - Squelette carboné - Rubans - Afficher
4. Afficher les ponts disulfure : Liaisons - Ponts disulfure - Afficher (si l'on souhaite les afficher de façon plus visible : liaisons - Ponts disulfure - type - bâtonnets - 250)
5. Mettre en évidence des régions variables des chaînes lourdes et légères (le repérage des noms donnés aux chaînes dans ce fichier et de la numérotation des séquences permet de constater que les deux chaînes lourdes sont nommées I et H et que leurs acides aminés sont numérotés de 1 à 452 ; les deux chaînes légères sont nommées M et L et leurs acides aminés sont numérotés de 500 à 716):
• cliquer sur l'icône "expression" et taper dans la fenêtre qui s'ouvre : *I and 1-116
• OK
• vérifier dans la fenêtre d'affichage en bas que les atomes ont bien été sélectionnés
• cliquer sur l'icône "sphères VDW" pour mettre en évidence la zone sélectionnée (affichage en sphères)
• répéter l'ensemble de ces opérations pour les 4 séquences à mettre en évidence, à savoir : de 1 à 116 pour la chaîne H, de 501 à 612 pour les chaînes L et M
6. Ajouter et placer au bon endroit les antigènes correspondant à cet anticorps :
• Fichier - Ajouter - lys.pdb - Ouvrir
• Cliquer sur l'icône marquée "univers" (en bas à gauche), ce qui permet de désolidariser la molécule qui vient de s'afficher de l'autre molécule (IgG)
• Afficher l'antigène en sphères rouges :
• cliquer sur l'icône "sphères VDW"
• cliquer sur l'icône "palette", puis choisir le rouge
• Déplacer l'antigène pour le mettre au bon endroit (c'est à dire au niveau du site de fixation antigénique):
• positionner le curseur de la souris sur la molécule d'antigène
• clic droit et sans le lâcher, déplacer la molécule
Répéter les opérations depuis le début pour ajouter un second antigène