Découverte de la structure d'une IgG

1. Ouvrir le fichier de molécule : Fichier - Ouvrir - IgGtotal.pdb
2. Découvrir la structure spatiale générale de la molécule :
• afficher en sphère : Atomes - Représentation - Sphères, ou encore en cliquant sur l'icône "sphères"
• faire pivoter la molécule en bougeant la souris tout en maintenant le clic gauche enfoncé
3. Mettre en évidence l'existence de plusieurs chaînes : Atomes - Colorer par - Chaîne
4. Préciser la nature de la molécule et la composition de chaque chaîne :
• Molécule - Séquence (pour identifier les noms donnés aux différentes chaînes, cliquer sur une chaîne et lire les informations qui s'affichent dans la fenêtre en bas - exemple : si en cliquant on obtient l'information suivante "Atom CA 1511 Group GLN 205 Chain H", cela signifie que l'on a cliqué sur un carbone alpha de la glutamine qui est ici l'acide aminé n° 205 de la chaîne H)
5. Mettre en évidence les liaisons qui relient les différentes chaînes :
• Afficher en squelette carboné pour faciliter les observations : Rubans - Type - Squelette carboné - Rubans - Afficher
• Afficher les ponts disulfure : Liaisons - Ponts disulfure - Afficher (si l'on souhaite les afficher de façon plus visible : liaisons - Ponts disulfure - type - bâtonnets - 250)

Une molécule d'IgG est constituée de 4 chaînes protéiques reliées entre elles par des ponts disulfure :  deux chaînes lourdes et deux chaînes légères.