Variables modifiables dans les menus de clustalw

****** MULTIPLE ALIGNMENT MENU ******

    Boolean quick_pairalign FALSE : "Slow/Accurate" : valeur par dfaut
							TRUE  : "Fast/Approximate"

    ****** Pairwise alignment parameters

		Slow/Accurate alignments

			Gap Open Penalty Currently : pw_go_penalty : float de 0.0  100.0
				initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
  					dna_pw_go_penalty	float 15.0
 					prot_pw_go_penalty	float 10.0
			Gap Extension Penalty Currently : pw_ge_penalty : float de 0.0  10.0
				initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
					dna_pw_ge_penalty	float 6.66
					prot_pw_ge_penalty	float 0.1
			Protein weight matrix  : pw_matnum : 1  5 dfaut 3
                1 BLOSUM 30
                2 PAM 350
                3 Gonnet 250
                4 Identity matrix
                5 User defined
			DNA weight matrix      : pw_dnamatnum : 1  3 : dfaut 1
                1 IUB
                2 CLUSTALW(1.6)
                3 User defined

		Fast/Approximate alignments

			Gap penalty            : wind_gap	: 1  500
				initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
		    	    dna_wind_gap		5
		        	prot_wind_gap		3
			K-tuple (word) size    : ktup		: if (dnaflag) 1  4 else 1 a 2
				initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
			   	    dna_ktup			2
		        	prot_ktup			1
			No. of top diagonals   : signif		: 1  50
				initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
		    	    dna_signif			4
		        	prot_signif			5
			Window size            : window		: 1  50
				initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
		    	    dna_window			4
		        	prot_window			5

	****** Multiple alignment parameters

		Gap Opening Penalty              :gap_open : float 0.0  100.0
			initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
				dna_gap_open	float 15.0 
 				prot_gap_open	float 10.0
		Gap Extension Penalty            :gap_extend : float 0.0  10.0
			initialis par dfaut, selon la valeur de dnaflag, par :
				dna_gap_extend	float 6.66
				prot_gap_extend	float 0.2

		Delay divergent sequences        :divergence_cutoff : 0  100 : dfaut 30

        DNA Transitions Weight           :transition_weight : double 0.0  1.0 : dfaut 0.5
        Protein weight matrix            :matnum : 1  5 : dfaut 3
                1 BLOSUM series
                2 PAM series
                3 Gonnet series
                4 Identity matrix
                5 User defined
        DNA weight matrix                :dnamatnum 1  3 : dfaut 1
                1 IUB
                2 CLUSTALW(1.6)
                3 User defined
		Use negative matrix              :neg_matrix : TRUE ou FALSE : dfaut FALSE
        Protein Gap Parameters
			Toggle Residue-Specific Penalties : no_pref_penalties : dfaut FALSE
			Toggle Hydrophilic Penalties      : no_hyd_penalties : dfaut FALSE
			Hydrophilic Residues              : hyd_residues : dfaut "GPSNDQEKR"
			Gap Separation Distance           : gap_dist : 0  100 : dfaut 0
			Toggle End Gap Separation         : use_endgaps : dfaut FALSE

	****** SECONDARY STRUCTURE OPTIONS

		Use profile 1 secondary structure / penalty mask : use_ss1 : dfaut TRUE
		Use profile 2 secondary structure / penalty mask : use_ss2 : dfaut TRUE
		Output in alignment : output_struct_penalties : 0  3 : dfaut 0
			0 Secondary Structure
			1 Gap Penalty Mask
			2 Structure and Penalty Mask
			3 None
		Helix gap penalty                     helix_penalty : 1  9 : dfaut 4
		Strand gap penalty                    strand_penalty : 1  9 : dfaut 4
		Loop gap penalty                      loop_penalty : 1  9 : ffaut 1
		Secondary structure terminal penalty  helix_end_penalty : 1  9 : dfaut 2
											  strand_end_penalty = helix_end_penalty
		Helix terminal positions	
			number of residues within helix : helix_end_minus : 0  3 : dfaut 3
			number of residues outside helix : helix_end_plus : 0  3 : dfaut 0
		Strand terminal positions      
		    number of residues within strand : strand_end_minus : 0  3 : dfaut 1
			number of residues outside strand : strand_end_plus : 0  3 : dfaut 1

	****** PHYLOGENETIC TREE MENU

        Exclude positions with gaps?        tossgaps : dfaut FALSE
        Correct for multiple substitutions? kimura : dfaut FALSE

	****** Format of Phylogenetic Tree Output

		Toggle CLUSTAL format tree output    output_tree_clustal : dfaut FALSE
		Toggle Phylip format tree output     output_tree_phylip : dfaut TRUE
		Toggle Phylip distance matrix output output_tree_distances : dfaut FALSE
		Toggle Phylip bootstrap positions    bootstrap_format : dfaut BS_BRANCH_LABELS
						valeurs : BS_NODE_LABELS, BS_BRANCH LABELS

	****** Format of Alignment Output

		J'ai estim ces paramtres inutiliss par la procdure Align().

Variables associes aux paramtres de Aligner()

	int->sint : window, signif, ktup, wind_gap
	int->float : gap_extend, gap_open
	Boolean is_weight remplac par no_weights dont le sens est invers

Types de variables changes

	char->short : idmat[], *matptr, pam250mt[], pam100mt[]
	les variables prcdentes sont dfinies en static dans plusieurs fichiers.
	int->float : prot_gap_open, prot_gap_extend;

	char usermat[210]->short usermat[NUMRES][NUMRES]
	char usermat[210] disparait de amenu--.cpp

	error(char *)->error(char *,...);

void *ckalloc(size_t bytes, HGLOBAL * p_hMem) pris dans ancien util.cpp
	avec quelques variables et #include windows.h et alig.h

dans sequen--.cpp static supprim pour les procdures :
	void p_encode(char *, char *, sint);
	void n_encode(char *, char *, sint);

amenu---.cpp(25)	:void align(void);	 supprim
interfac.cpp(2144)	:void align(char *phylip_name);
