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Logiciels pour l'évolution

Logiciels
 

Clustalx - Alignement multiple de séquences. Windows95. Gratuit.

Usage : aligne plusieurs séquences nucléiques ou protéiques regroupées dans un même fichier.
Les séquences à aligner peuvent être produites avec un traitement de textes.
Chaque séquence est précédée d'une ligne comportant le signe > suivi du nom de la séquence.
Il produit en particulier deux fichiers :

- un fichier dont l'extension est .aln : c'est un fichier texte contenant les séquences alignées produites ; ce fichier est utilisable par Wet pour le tracé d'arbres phylogénétiques ;
- un fichier dont l'extension est .dnd : il contient des indications pour la construction de l'arbre phylogénétique ; ce fichier est utilisable par TreeView.

Installation :

Créer un répertoire
Y placer le logiciel
Cliquer sur son nom pour le décompacter (le logiciel est fourni avec les programmes sources)
Créer une icône pour l'activer à partir de Windows

Lancer le logiciel.
Dans la fonction File, choisir l'option "Load sequence file" et sélectionner le fichier contenant les séquences à aligner. Les séquences sont affichées à l'écran.
Dans la fonction Alignment choisir l'option "Do complete alignment".
La durée du calcul dépend du nombre et de la longueur des séquences..
Les séquences alignées sont affichées. Une * signale les identités.
Les deux fichiers .aln et .dnd sont placés dans le répertoire où a été lu le fichier des séquences.

TreeView - Tracé d'arbres phylogénétiques en utilisant les alignements de Clustal. Windows. Gratuit.  Versions disponibles pour machines 16 bits (385 Ko) et 32 bits (791 Ko)

Usage : tracé d'arbres phylogénétiques, par la méthode NJ. Utilise en particulier les fichiers .dnd produits par Clustal.

Installation : sous Windows. Suivre les indications du programme d'installation.

Fonctionnement :

Lancer le logiciel
Ouvrir un fichier : dans le format des fichiers, choisir celui de Clustal ; désigner un .dnd.
Le logiciel affiche un arbre dont on peut modifier la présentation.
Possibilité de désigner un groupe extérieur et de redessiner l'arbre en fonction de ce groupe.
Sauvegarde possible de l'arbre sous la forme d'une image.

Autres adresses
 
 

	Université de Harvard  The WWW Virtual Library : Evolution Aperçu quasi exhaustif des ressources disponibles : livres, logiciels, institutions, musées, collections, évolution moléculaire, phylogénies, systématique et taxonomie, paléontologie, etc.
	Université de Washington  Phylogeny Programs Liste triée des logiciels disponibles : plusieurs dizaines.

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