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RASMOL - MINIDOC |
Modifier le style d'affichage
Dans Afficher se trouvent les différentes modalités d’affichage en bâtonnets, sphères, boules et bâtonnets, squelette carboné, ruban, brins, points (nuage électronique), etc. La connaissance de ces modalités est indispensable pour une exploitation optimale du logiciel.
Chaque modalité de représentation apporte une information différente.
La représentation en sphères fait ressortir l'aspect compact de la molécule, donne une bonne idée de son encombrement spatial, fait apparaître les creux et les bosses. La combinaison de boules et de bâtonnets fournit une vision différente, en fonction du diamètre des boules.
Nonapeptide en boules et bâtonnets
La représentation en bâtonnets fait apparaître tous les constituants des acides aminés d’une protéine : carbones alpha (C-alpha), liaisons peptidiques, chaînes latérales. C'est ce qui donne à la molécule son aspect buissonnant. Mais, comme les molécules biologiques comportent fréquemment plusieurs milliers d'atomes, la lisibilité de la structure dans l’espace est difficile avec ce mode de représentation.
Avec la représentation en squelette carboné on débarrasse les acides aminés de leurs chaînes latérales et on ne conserve que les C-alpha ce qui constitue un premier niveau de simplification. Cette représentation fait apparaître les mêmes caractéristiques que la précédente mais de façon plus dépouillée.
Nonapeptide en squelette carboné
On sait aussi que les atomes impliqués dans la liaison peptidique entre deux C-alpha sont dans un même plan. On pourra donc supprimer la représentation des atomes en ne conservant que le plan propre à chaque liaison : c’est la représentation en rubans dont la position dans l'espace épouse précisément le plan des liaisons peptidiques successives. La représentation en brins en est une variante qui ne retient que la « trame » du ruban ; elle fait ainsi ressortir la disposition spatiale de la chaîne en mettant en évidence les divers motifs appartenant à la structure secondaire (hélices, feuillets, coudes, boucles).
Dans la représentation en points, tous les atomes sont retenus, la densité des points matérialisant les surfaces de Van der Waal’s (surface extérieure du nuage électronique). Transparente, cette représentation permet d’y superposer un autre mode de visualisation. La surimpression autorise la combinaison de différents modes d’affichages appliqués chacun à un sous ensemble de la molécule.
Nonapeptide en points et squelette carboné
NB : le mode de représentation influe considérablement sur la vitesse de réaffichage d’une molécule quand on veut la manipuler à l’écran. Sur des PC 386, par exemple, ou même sur des 486 SX (sans coprocesseur arithmétique), il est fortement recommandé d’éviter la visualisation en sphères quand les molécules sont grosses.
NB : Les options d'affichage "liaisons hydrogène" et "ponts disulfure" activent la visualisation de ces liaisons.
