Objectif : déterminer sur quel chromosome et dans quelle région se trouve le gène dont on possède la sonde.

En pratique : les chromosomes sont préparés en métaphase à partir de lymphocytes circulants ou d'une lignée lymphoblastoïde. L'hybridation est réalisée directement sur les préparations cytogénétiques fixées sur lame. La sonde utilisée est marquée au tritium qui possède un rayonnement très court et donc donne une localisation fine de la zone émettant la radioactivité. L' émulsion radiosensible est coulée directement sur la préparation et on laisse exposer plusieurs jours à semaines.Le résultat est lu sous microscope : les signaux positifs apparaissent sous forme de grains noirs disposés sur les chromosomes.

Objectif :déterminer quelle sous population du tissu exprime un ARN donné. En effet un tissu est généralement constitué de différents types cellulaires, pas toujours faciles à séparer. 

En pratique : la technique est proche de celle décrite sur les chromosomes. 

Objectif : détecter parmi un grand nombre de bactéries ou de phages recombinants celle ou celui qui contient le fragment d'ADN recherché (criblage de banque).

En pratique : la banque est étalée sur une ou plusieurs boîte de Pétri, puis une empreinte de chaque boîte est réalisée par le dépôt d'une membrane (nylon ou nitrocellulose) pendant qq instants. La membrane contenant qq bactéries ou phages de chaque clône, est placée dans une solution de soude pour faire éclater les bactéries ou phages et dénaturer l'ADN. Après fixation, hybridation et autoradiographie, il est possible de localiser le clône d'intérêt.