Logiciels

Pour l'exploitation de ces séquences, on peut utiliser les logiciels SEQAIDII (gratuit, sous DOS, téléchargement, installation et prise en main sur Biogéo) ou Anagène (sous Windows, commercialisé par le CNDP).

Données

Toutes les données sont dans des fichiers compactés.
Attention : certains fichiers compactés contiennent d'autres fichiers également compactés.
 

Pour SEQAIDII : dans le répertoire du logiciel, créer un sous-répertoire DEVELOP, par exemple, et y décompacter les fichiers contenant pour chaque organisme (Homme (hs), Souris (sou), Drosophile (drome), Xénope (xen)) : - Séquences isolées de l'ADN complet de chaque gène (brin non transcrit) adnseq.zip (contenant adnhs.zip ; adnsou.zip ; adndrome.zip) - Séquences isolées de l'ADN correspondant à l'homéoboîte (brin non transcrit) boxseq.zip (contenant boxhs.zip ; boxsou.zip ; boxdrome.zip ; boxxen.zip) * Attention : Le programme de la classe de seconde ne prévoit pas de travail avec les protéines. Sont néanmoins disponibles les deux fichiers compactés suivants : - Séquences peptidiques complètes codées par les gènes  proseq.zip (contenant prohs.zip ; prosou.zip ; prodrome.zip) - Homéodomaines protéiques domseq.zip (contenant domhs.zip ; domsou.zip ; domdrome.zip ; domxen.zip) - Sont également disponibles les séquences des gènes (brin non transcrit, réduit à l'environnement de l'homéobox et du paired box) de Aniridie (Homme), Smalleye (Souris) et Eyeless (Drosophile), ainsi que les séquences nucléiques pour lesquels elles codent. aseseq.zip (contenant adnase.zip  et proase.zip)

 

Pour Anagène : dans le répertoire du logiciel, créer un sous-répertoire DEVELOP, par exemple, et y décompacter les fichiers contenant pour chaque organisme (Homme (hs), Souris (sou), Drosophile (drome), Xénope (xen)) : - Séquences de l'ADN complet de chaque gène (brin non transcrit), regroupées dans des thèmes d'étude qui permettent le chargement global des séquences par Anagène (Noter : les séquences isolées au format de SEQAIDII sont aussi reconnues par Anagène) adnthm.zip (contenant les fichiers adnhs.thm, adnsou.thm, adndrome.thm et les fichiers .edi correspondants) - Séquences de l'ADN correspondant dans chaque gène à l'homéoboîte (brin non transcrit), regroupées dans des thèmes d'étude boxthm.zip (contenant les fichiers boxhs.thm, boxsou.thm, boxdrome.thm, boxxen.thm et les fichiers .edi correspondants) * Attention : Le programme de la classe de seconde ne prévoit pas de travail avec les protéines. Sont néanmoins disponibles les thèmes d'étude suivants : - Séquences peptidiques complètes codées par les gènes prothm.zip (contenant les fichiers prohs.thm, prosou.thm, prodrome.thm et les fichiers .edi correspondants)  - Homéodomaines protéiques domthm.zip (contenant les fichiers domhs.thm, domsou.thm, domdrome.thm, domxen.thm et les fichiers .edi correspondants). - Sont également disponibles dans deux thèmes d'étude séparés les séquences complètes des gènes (brin non transcrit, réduit à l'environnement de l'homéobox et du paired box) de Aniridie (Homme), Smalleye (Souris) et Eyeless (Drosophile), ainsi que les séquences nucléiques pour lesquels elles codent. asethm.zip (contenant les fichiers adnase.thm, proase.thm et les fichiers .edi correspondants).

- Avec Anagène, Ouvrir un thème d'étude (fichier .thm dans le répertoire DEVELOP s'il a été créé)
- Choisir Enregistrer, puis Thème d'étude
- Ajouter un utilisateur, en fait un dossier regroupant des thèmes, et lui donner un nom en clair
- Ajouter un thème et lui donner un nom en clair

Voici à titre d'exemple une arborescence possible des données où les dossiers Gènes homéotiques chez l'Homme, la Drosophile, la Souris et le Xénope ont la même structure.