Organes homologues : deux organes sont homologues lorsqu'ils présentent le même plan d'organisation et les mêmes relations avec les organes voisins.

Molécules homologues : deux molécules sont homologues lorsque leurs séquences (protéiques ou nucléotidiques) présentent des similitudes (même élément à une position donnée dans la séquence)

Phylogénie : figure en forme d'arbre traduisant les relations de parenté entre des organismes ou des molécules. 

Cladogramme : arbre traduisant les relations de parenté entre des êtres vivants, établi à partir de la méthode cladistique

Phénogramme : arbre traduisant les relations de parenté entre des molécules, établi à partir d'une méthode phénétique

Cladistique : méthode d'établissement de relations de parenté entre des êtres vivants, basée sur la notion d'homologie (deux êtres vivants qui partagent un même caractère homologue l'ont hérité d'un même ancêtre commun chez qui ce caractère est apparu)

Phénétique : méthode d'établissement des relations de parenté basé sur le nombre de caractères communs partagés par des organismes ou des molécules, indépendamment de toute notion d'homologie (plus ce nombre de caractères communs est important et plus l'ancêtre commun est récent). Les relations de parenté sont donc précisées à partir d'une matrice des distances.