Chez l'Homme :

Les grandes similitudes entre les séquences des pigments M et L, tant au niveau protéique que nucléique indiquent une parenté importante entre ces molécules. Les deux gènes M et L sont donc issus d'un même gène ancestral : il y a eu duplication génique suivie de mutations, certaines au moins de ces mutations étant à l'origine des différences de spectre d'absorption entre les pigments codés par ces gènes, ce qui contribue à la vision des couleurs.

Les gènes Rho et S ont, au niveau nucléique, plus de 50 % de similitudes avec les gènes M et L, ce qui permet d'envisager aussi une origine commune pour tous ces gènes. Au cours de l'histoire des gènes des opsines, qui forment donc une famille multigénique, trois duplications sont donc à envisager, suivies de mutations.

Les protéines Rho et S ayant la même longueur, 348 acides aminés, alors que les protéines M et L ont toutes les deux 364 acides aminés, laisse à penser que les gènes Rho et S pourraient être plus étroitement apparentés entre eux qu'avec les gènes M et L.

Chez les autres Primates :

• le système génétique gouvernant la synthèse des opsines chez le Macaque est identique à celui de l'homme, et il y a de très grandes similitudes entre les gènes du Macaque et les gènes humains correspondants (environ 95 %). L'ancêtre commun à l'homme et au macaque possèdait donc déjà ce système génétique.
• les singes du nouveau monde ont un système génétique différent : il n'existe qu'un seul gène codant pour un pigment ayant un spectre d'absorption présentant un maximum à plus de 500 nm (au lieu de deux gènes M et L chez le Macaque et l'Homme). On peut donc penser que la duplication à l'origine des gènes M et L a eu lieu après la séparation des singes du nouveau monde /singes de l'ancien monde. L'utilisation de l'arbre phylogénétique simplifié fourni permet de dire que cette duplication a eu lieu entre -40 et -23 Ma.