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• Une collection par défaut est spécifiée dans le fichier phylini.ini (fichier texte modifiable).
• Les collections sont téléchargeables individuellement ; elles sont à placer dans le répertoire des collections
• Pour changer de collection dans le programme : choisir impérativement  "Sélectionner une autre collection" et aller jusqu'à la collection ou sous collection souhaitée (Cliquer juste sur le nom de la collection et valider).

Attention : fonction adaptée aux collections utilisables au collège. Réserves quand aux collections antérieures (avec caractères à plusieurs états, et caractères non utilisables pour l'établissement de relations de parenté)

• Fonctionne comme recommandé dans une approche cladiste : commencer par le caractère le plus partagé, et ainsi de suite.
• Si deux caractères sont redondants, ils sont mis dans l’intitulé de la même boîte.
• Si un caractère est possédé par tous les taxons, il y a création d’une super boîte.
• Si le classement demandé sur un caractère doit amener à regrouper deux taxons déjà séparés sur la base d'un ou plusieurs autres caractères, le classement est refusé. Il faut dans ce cas s'interroger sur les causes possibles en examinant la matrice. Plusieurs cas de figure peuvent se présenter suivant les collections et les échantillonnages : absence d'une information (état inconnu d'un caractère, codé ?) ; problème d'homologie pour l'un des caractères choisis, erreur de codage des états d'un caractère, etc.).
• Pour passer de la représentation par groupes emboîtés à une représentation par un arbre : Clic droit dans la zone d'affichage des boîtes. Choisir "Activer la fonction arbre". Attention : l'arbre affiché correspond au classement réalisé, même si celui-ci est inachevé).

• Le passage à l’arbre à partir d’une matrice taxons / caractères  : par défaut, les taxons sont sélectionnés.
• Passage à l’arbre à partir d’un fichier de molécules : par défaut, taxons désélectionnés. Il faut sélectionner au moins les séquences de deux taxons pour que la fonction arbre soit activée. 
• Passage à l'arbre à partir de la fonction classer : tous les taxons sont sélectionnés

• Par défaut, dans la fonction arbre, la possibilité d'enlever un taxon de l'arbre (en cliquant sur son nom) puis de le placer à nouveau sur l'arbre est autorisée par un paramètre du fichier phylini.ini.  Cette disposition tient compte de l'usage possible au Lycée. Le blocage peut être introduit si nécessaire pour un usage au Collège.
• Les icônes de manipulation de l’arbre restent activables dans tous les cas.

Alignement des séquences

• Tous les fichiers de molécules fournis sont alignés pour éviter le réalignement (long sur certaines machines).
• Les fichiers alignés sont reconnus automatiquement et la fonction aligner est inhibée. Elle n’est réactivée que si l’on rajoute une nouvelle séquence.

• Cetancodontes (Baleines) : auteur Marie-Jeanne Pellerin
• Arthropodes : autreur : Arnaud Van Holt
• Jardin-étang : auteurs Monique Dupuis et Arnaud Van Holt
• MNHN
• Anatomie-comparée : auteur Alain Pothet

• En majorité pour le collège, tenant compte des nouveaux programmes de la classe de troisième : Faune des mers du Cambrien, du Crétacé et des mers actuelles ; Forêts du Carbonifère et forêts actuelles ; Arbre de la vie

• La position de l'Homme au sein des Vertébrés et des Primates est réalisable avec les collections déjà disponibles. 
• L'étude de fossiles peut être réalisée avec les données existantes (Vertébrés, Eléphants, Baleines).

• Pour les élèves : sans abonnement. Collection : Vertébrés.
• Par les enseignants : avec abonnement à la liste de diffusion.