• Mettre en relation la structure d'une globine avec sa fonction : 


On cherche à comprendre comment une globine assure la fonction de fixation du dioxygène. On indique que cette fonction met en jeu un noyau appelé hème et intégrant un atome de fer. En localisant celui-ci, on constate qu'il est logé dans une "poche" délimitée par les hélices. On pourra pousser plus loin l'analyse en se posant la question du maintien du hème dans cette "poche". Ayant avancé l'hypothèse que le maintien  en position de l'hème est réalisé par certains acides aminés tapissant la "poche", on identifie ces atomes après extraction de tous les atomes situés autour de l'Hème. On découvre ainsi deux histidines, his63 et his92, qui assurent le positionnement de l'hème.
  

Objectifs	Actions
Voir en squelette carboné la chaîne bêta dont l'hème est oxydé (ou la chaîne bêta dont l'hème est reduit) de l'hémoglobine humaine...	Fichier    Ouvrir         Choisir le dossier, le fichier betaoxy.pdb Rubans    Type         Squelette carboné Rubans    Afficher
Afficher l'hème en bâtonnets	Sélectionner  Ecrire hem et valider Afficher en boules et bâtonnets
Afficher le fer en sphère jaune	Sélectionner  Ecrire *.fe et valider Afficher en sphère
Afficher le dioxygène en sphères	Sélectionner  Ecrire *.o1 or *.o2 et valider Afficher en sphères  Reprendre la démarche avec la globine bêta réduite (fichier betared.pdb)

Résultats 

 
 
 
• Rechercher la structure impliquée dans la fixation de l'hème :

  

Objectifs	Actions
Repérer les acides aminés situés dans la "poche" de l'hème	Fichier   Ouvrir     Choisir le dossier, le fichier betaoxy.pdb Afficher en sphères  Sélectionner le hème et colorer le en jaune Activer l'icône "sélectionner les atomes"    Sélectionner l'ensemble des atomes situés autour de l'hème Repérer les acides aminés situés à proximité de l'hème : préciser les noms des acides aminés et leur numéro d'ordre dans la séquence.
Comprendre comment est assuré le maintien du hème dans cette "poche"	Parmi tous les acides aminés repérés dans la poche on retient, à titre d'exemple, 2 histidines : His 63 et His92 (ces deux acides aminés sont conservés dans toutes les globines connues). Sélectionner tous les atomes  Afficher en sphères Restaurer le modèle Afficher en squelette carboné Sélectionner l'hème et afficher le en boules et bâtonnets Sélectionner les 2 histidines et afficher les en bâtonnets colorés en rouge. Afficher les labels

Résultats