Exemple : Initiation à la représentation et à la lecture des structures d'une protéine : l'hémoglobine 
     
  • La fixation de l'hème et le transport du dioxygène

  • La fonction de fixation du dioxygène met en jeu un noyau appelé hème et intégrant un atome de fer. Le maintien en position de l'hème est réalisé par certains acides aminés tapissant les parois de la poche délimitée par des hélices. Il s'agit des acides aminés les plus voisins du hème : l'histidine 63 et l'histidine 92.
     
    Objectifs
    Actions
    Voir les acides aminès impliqués dans la fixation du hème, repérer le dioxygène.
    Comparer deux globine bêta : l'une dont l'hème est réduit, l'autre dont l'hème est oxydé.
     

     

    Fichier Ouvrir betaoxy.pdb
        Fichier charger un script fix-hem.scr
    Fichier Ajouter betared.pdb
        Fichier charger un script fix-hem.scr
    Déplacer les 2 modèles afin de les voir côte à côte.
    Superposer les 2 modèles afin d'explorer les changements de conformation qui affectent l'hème et la globine lors de la fixation du dioxygène.

    Résultats

    globoxy.pdb à droite; globred.pdb à gauche

    Superposition des 2 globines : globoxy et globred


Institut national de recherche pédagogique