Mise en évidence des sites de fixation des antigènes

(la comparaison avec Anagène des séquences des 4 chaînes constituant la molécule d'IgG permet de dire que les deux chaînes lourdes sont identiques entre elles, ainsi que les deux chaînes légères

1. Afficher la molécule : sans fermer la molécule d'IgG total, ouvrir le fichier de molécule présentant un fragment FAB de cette IgG associée à l'anticorps correspondant (lysozyme de blanc d'oeuf de poule) : Fichier - Ouvrir - IgG-Lys.pdb
2. Repérer les différentes chaînes de la molécule affichée : Atomes - Colorer par - Chaîne (la chaîne qui apparaît en rouge est l'antigène)
3. Afficher en sphères : Atomes - Représentation - Sphères, ou encore en cliquant sur l'icône "sphères"
4. Localiser le fragment visualisé par rapport à la molécule entière d'IgG :
• Afficher côte à côte la molécule d'IgG totale et le fragment associé à l'anticorps : Fenêtre - Mosaïque verticale
• Repérer le nom des chaînes sur le fragment FAB : cliquer sur les différentes chaînes et lire les informations dans la fenêtre d'affichage en bas (attention, les couleurs sont inversées entre les deux fichiers)

1. Avoir une idée de la complémentarité spatiale entre l'antigène et le site antigénique :
• Afficher en sphères : cliquer sur l'icône "sphères"
• Voir le complexe Ac/Ag du dessus : cliquer sur la molécule et la bouger à l'aide de la souris de façon à la voir du "dessus" (l'antigène vers sois)
• Découper le complexe couche par couche pour voir l'imbrication de l'antigène dans le site antigénique : l'icône "Front" étant enfoncée (cette icône se trouve en bas, dans le bandeau gris), cliquer sur la flèche dirigée vers la droite qui est à côté et maintenir ce clic en regardant ce qu'il se passe
• Reconstruire le complexe couche par couche pour voir l'imbrication de l'antigène dans le site antigénique : procéder de la même façon, mais en maintenant la touche de la flèche vers la gauche enfoncée