(On ne travaillera ici que sur les fragments FAB de la molécule d'IgG)

La comparaison (avec Anagène) de chaînes légères et de chaînes lourdes de plusieurs IgG humaines différentes contre le SIDA permet de repérer une partie constante d'une IgG à l'autre et une partie variable (des acides aminés 1 à 116 pour les chaînes lourdes ; de 1 à 111 pour les chaînes légères).

1 - Ouvrir le fichier correspondant au fragment FAB associé à l'antigène (1ACY_gp120 par exemple, soit le fragment FAB d'une IgG capable de fixer spécifiquement l'antigène gp120 de l'enveloppe virale du VIH)

2 - Mettre en évidence des différentes chaînes affichées:

• Atomes - Colorer par chaîne

• cliquer sur chaque chaîne et lire l'information affichée dans la zone d'affichage (L = chaîne légère de l'IgG ; H = chaîne lourde de l'IgG ; P = antigène)

• cliquer sur l'icône "expression"
• taper dans la boîte de dialogue qui s'ouvre :
• *L : le signe * précède le nom de la chaîne à sélectionner (pas d'espace entre * et le nom de la chaîne)
• insérer un espace avant la commande suivante
• taper and pour ajouter une commande
• insérer un espace
• taper les numéros des éléments à sélectionner (indiquer le premier et le dernier numéro, séparés par un tiret et sans aucun espace)
• valider (OK)
• vérifier que la sélection a bien eu lieu (à lire dans la zone d'affichage en bas)
• mettre en évidence la séquence sélectionnée :
• par une coloration par exemple: cliquer sur l'icône "palette" et choisir une couleur
• ou par un affichage en sphères : cliquer sur l'icône "sphères VDW"

• procéder de la même façon qu'au 4, en tapant H au lieu de L pour sélectionner la chaîne lourde, et en modifiant les numéros des acides aminés.

6 - Procéder de la même façon pour les parties hypervariables (sites : 32 à 35, 97 à 99 par exemple pour les chaînes lourdes ; sites 32 à 35 ; 96 à 98 par exemple pour les chaînes légères ; séquences repérées lors de la comparaison des parties variables des chaînes lourdes et légères de plusieurs IgG avec le logiciel Anagène).

Voir le résultat final

7 - Conclusion : les parties variables et hypervariables de la molécule d'IgG se situent au niveau du site antigénique, ce qui permet d'expliquer la spécificité de cette molécule.