Qu'est-ce qu'un arbre phylogénétique ?

Guillaume Lecointre, MNHN

L'arbre phylogénétique montre la succession des émergences des groupes d'organismes vivants au cours du temps, mais surtout leurs relations de parenté. Il est fondé sur l'analyse de nombreux caractères chez les espèces qu'il présente. Sur les branches sont situées les transformations de caractères qui ont servi à construire l'arbre. En général, ses branches sont agencées de manière à supposer le minimun de transformations de caractères le long des branches. 

L'arbre phylogénétique nous montre quels caractères sont vraiment les mêmes chez plusieurs espèces (hérités d'un ancêtre commun) et quels sont ceux qui, initialement vus comme les mêmes, ne le sont en fait pas. 

Ainsi, on trouve des plumes chez l'autruche et le colibri. L'arbre nous montre que la transformation écaille -> plume a bien eu lieu chez un ancêtre commun à ces deux espèces. On trouve des ailes chez les mouches et des ailes chez les oiseaux. Sont-elles vraiment les mêmes ? C'est l'arbre phylogénétique qui donne la réponse : l'agencement des branches montre que les ailes des mouches sont apparues indépendemment de celles des oiseaux. Elles ne sont donc pas héritées d'un ancêtre commun aux mouches et aux oiseaux. D'ailleurs, si l'on y regarde de plus près, on s'aperçoit qu'elles ne sont pas du tout faites de la même façon.