On effectue une coloration sélective des acides aminés 1 à 110 des chaines légères et des acides aminés 1 à 120 des chaines lourdes, sur des molécules 3D d'immunoglobulines complexées à leur antigène spécifique. Les atomes des régions colorées sélectivement sont représentés par des sphères rouges dans le cas des chaines lourdes et par des sphères jaunes dans le cas des chaines légères. Le reste de la branche du Y de l'immunoglobuline est représenté en squelette carboné, avec une couleur différente pour chacune des chaînes. L'antigène est représenté sous forme de batonnets violets.

Dans le cas de la coloration effectuée sur le fragment de complexe immun (fichier 1E6J.pdb) correspondant à une branche du "Y" de l'anticorps spécifique d'un motif de la protéine virale p24, associée à son antigène, on obtient le résultat suivant :

Dans le cas de la coloration effectuée sur le fragment de complexe immun (fichier 1ACY.pdb) correspondant à une branche du "Y" de l'anticorps spécifique d'un motif de la glycoprotéine virale gp120 associée à son antigène, on obtient le résultat suivant :

On s'aperçoit ainsi que, quel que soit le complexe immun observé, les régions variables des chaines lourdes et légères sont les régions de l'anticorps en vis-à-vis d'une région de l'antigène spécifique.