démarche pédagogique en immunologie

L''infection par le virus du SIDA se traduit, lors de la phase asymptomatique, par l'apparition dans le sang de lympocytes T cytotoxiques spécifiques dirigés contre les cellules infectées par le virus.
Les cellules infectées expriment à leur surface des fragments peptidiques issus des protéines du pathogène que n'expriment pas les cellules saines.
Les lymphocytes T, par leurs récepteurs T spécifiques, reconnaissent les cellules infectées et participent donc à la surveillance du milieu intracellulaire.

Problématique

On recherche ce qui, dans la structure d'un récepteur T, explique sa capacité à se lier spécifiquement au fragment peptidique issu des protéines du pathogène.

Objectifs

les récepteurs T sont des protéines membranaires constituées de deux chaînes peptidiques. Chaque chaîne possède une partie constante et une partie variable
la spécificité des récepteurs T est due à la partie variable des deux chaînes peptidiques

Pistes d'exploitation

1 - Etude de l'organisation générale d'un récepteur T
Fichiers à utiliser / Actions	Notion(s) construite(s)
Logiciel Rastop Fichier TCR-3D.zip Fichier 1BD2b.pdb Coloration par chaîne	Un récepteur T est constitué de 2 chaînes polypeptidiques, la chaîne alpha et la chaîne bêta. Voir la visualisation 3D du TCR Voir le script chime
Logiciel Anagène Fichier tcr-seq.edi Comparaison simple des chaînes bêta et alpha d'un récepteur T	Les séquences d'acides aminés des chaînes d'un récepteur T sont différentes Voir la comparaison deux à deux des séquences peptidiques des deux chaînes À ce stade on arrive à un premier schéma simple d'une molécule de récepteur T, qui ne permet pas d'expliquer la spécificité
2 - Comparaison des séquences polypeptidiques de différents récepteurs T
Fichiers à utiliser/ Actions	Notion(s) construite(s)
Logiciel Anagène Fichier tcr-seq.edi Comparaison des chaines alphas entre elles ; comparaison des chaînes bêtas entre elles	Les chaînes polypeptidiques de différents récepteurs T possèdent une région constante (dont la séquence d'acides aminés est identique d'un récepteur T à l'autre) et une région variable (dont la séquence d'acides aminés diffère d'un récepteur T à l'autre). La région variable est constituée par les acides aminés situés en position 1 à 115 dans les chaînes alphas, et par les acides aminés situés en position 1 à 106 dans les chaînes bêtas. Voir le résultat de l'alignement effectué avec Anagène Voir le résultat de la comparaison effectuée avec la fonctionnalité "dot plot" d'Anagène 2
3 - Etude de la position des régions variables au niveau de la structure tridimensionnelle du récepteur T
Fichiers à utiliser/ Actions	Notion(s) construite(s)
Logiciel Rastop Fichier TCR-3D.zip Fichier TCR1BD2b.pdb Coloration sélective des acides aminés 1 à 115 des chaines alphas et 1 à 106 des chaînes bêtas	Les régions variables sont situées à l'extrémité des deux chaînes alpha et bêta Voir le résultat de la coloration sélective Voir script chime Hypothèse : la spécificité des récepteurs T est dûe à la partie variable Conséquence vérifiable : Si cela est vrai, alors l'association du peptide viral présenté par la cellule infectée au récepteur T doit se faire au niveau de la partie variable du récepteur T
4 - Observation de complexes récepteurs T-antigènes
Fichiers à utiliser/ Actions	Notion(s) construite(s)
Logiciel Rastop Fichier TCR-3D.zip Fichiers TCR1A07.pdb, TCR1BD2.pdb Coloration sélective des acides aminés 1 à 115 des chaines alphas et 1 à 106 des chaînes bêtas d'un récepteur T lié à son peptide viral présenté	On repère, pour chaque complexe récepteur T/ peptide viral présenté, un "contact" entre la zone variable et le peptide viral présenté: la reconnaissance spécifique se fait donc bien au niveau de la zone variable. Voir le résultat de la coloration sélective Voir le script chime

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