Certaine méthodes sont qualitatives, d'autres quantitatives.
Les méthodes qualitatives reviennent à repérer exactement les organismes au moment où ils sont attrapés. Le récolteur choisit ou non de prendre l'animal.
Pour les méthodes quantitatives, c'est une zone précise (une surface appelée quadrat) qui est exploitée au maximum : tout y est récolté pour un espace donné. Elles permettent ensuite des comparaison dans le temps ou d'un site à l'autre puisque le contenu faunistique de la zone est comparé à un autre contenu (quelques années après ou dans un autre endroit).

:: En rivière

- pêche à vue
Méthode qualitative
L'échantillonneur regarde attentivement dans le cours d'eau et attrape les organismes qu'il aperçoit.
Ne pas oublier de retourner les pierres (en le replaçant ensuite) ou dans la végétation. L'épuisette peut être d'un grand secours.

- troubleau
Méthode qualitative
L'instrument sert à gratter légèrement le substrat (le fond de l'eau) sur les 2 ou 3 premiers centimètres. Il faut ensuite trier le contenu récolté.

- filet Surber
Méthode quantitative
Il s'agit de déposer le filet au fond de l'eau et de récupérer tout le substrat qui se trouve délimité par un cadre en avant du filet. Les cailloux qui s'y trouvent sont frotter pour en détacher les êtres vivants et le sable est remué ou emporté pour un tri ultérieur.
La surface correspond à un carré de 30 cm sur 30.

Remarque : une demande a été faite auprès des gardes pêche pour une démonstration de pêche électrique mais pour des raisons de sécurité et de responsabilité, ces personnes n'ont pas souhaité concrétiser ce projet.

:: En prairie

- chasse à vue
- filet à papillon
- filet fauchoir
- parapluie japonais
- aspirateur à bouche
- piège jaune

:: En sous-bois

- piège de la faune du sol
- chasse à vue
- filet à papillon
- filet fauchoir
- parapluie japonais
- aspirateur à bouche
- non utilisés
nous aurions pu également prélever de la litière du sol pour aménager des piège de Berlèse. Nous ne l'avons pas fait par manque de temps pour le traitement ultérieur de la récolte, car nous souhaitions ne pas faire mourir trop d'espèce et car nous l'avions déjà expérimenté au cours de l'année en classe.

:: La récolte est mise en tube