14 / 02 / 2007 - Blogueur 4 et les moules des bois coulés
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Blogueur 4 et les moules des bois coulés
Ca y est… 2 mois après la mission, je commence à traiter les échantillons qui nous reviennent de Santo. Petit rappel, comme cela est indiqué sur ma fiche de présentation, je travaille sur les organismes associés aux substrats organiques coulés. Plus précisément, notre équipe cherche à comprendre les affinités phylogénétiques de ces organismes par rapports à ceux d’autres écosystèmes réducteurs profonds, tels que les sources hydrothermales et les suintements froids.
Je travaille sur les Mytilidae (les moules !) de ces substrats. Durant l’expédition, j’avais isolé l’ensemble des moules de chaque station échantillonnée et en avait fait un lot. J’ai donc poursuivi ce travail en individualisant chaque spécimen dans un tube (+ alcool 90° !), et en lui donnant une étiquette indiquant la station et un numéro d’individu au sein de cette station. Toutes les étiquettes ont été rentrées dans une feuille Excel (qui sert de base de travail pour une base de donnée). De cette manière, je dispose d’un lien entre l’individu et toutes les informations qui lui sont liées, qu’elles soient de nature écologique (profondeur, coordonnées géographiques, nature du bois) ou biologiques (morphologie, numéro d’extraction d’ADN, gènes séquencés).
J’ai ainsi recensé 20 stations pour un total de 168 individus. Relativement aux campagnes précédentes, c’est un petit échantillon. Mais il semble cependant assez intéressant pour diverses raisons : ces 168 individus semblent comprendre plusieurs espèces, morphologiquement distinguables à l’œil nu. J’ai distingué 3 ou 4 morphes. Les analyses d’ADN mettront probablement en évidence un nombre supérieur d’espèces au sens biologique du terme. Récolter de nombreuses espèces est crucial pour les analyses phylogénétiques que nous envisageons. De plus, les casiers nous ont permis de récolter du matériel sur des substrats très particuliers : bois divers, bambous, écailles de tortues ou os de baleine. Nous saurons ainsi si certaines espèces ont des affinités particulières ou au contraire si elles sont ubiquistes vis-à-vis du substrat organique.
Article rédigé par Blogueur 4
Je travaille sur les Mytilidae (les moules !) de ces substrats. Durant l’expédition, j’avais isolé l’ensemble des moules de chaque station échantillonnée et en avait fait un lot. J’ai donc poursuivi ce travail en individualisant chaque spécimen dans un tube (+ alcool 90° !), et en lui donnant une étiquette indiquant la station et un numéro d’individu au sein de cette station. Toutes les étiquettes ont été rentrées dans une feuille Excel (qui sert de base de travail pour une base de donnée). De cette manière, je dispose d’un lien entre l’individu et toutes les informations qui lui sont liées, qu’elles soient de nature écologique (profondeur, coordonnées géographiques, nature du bois) ou biologiques (morphologie, numéro d’extraction d’ADN, gènes séquencés).
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| Un bois coulé récupéré à Santo | Une moule trouvée sur un bois coulé à Santo |
J’ai ainsi recensé 20 stations pour un total de 168 individus. Relativement aux campagnes précédentes, c’est un petit échantillon. Mais il semble cependant assez intéressant pour diverses raisons : ces 168 individus semblent comprendre plusieurs espèces, morphologiquement distinguables à l’œil nu. J’ai distingué 3 ou 4 morphes. Les analyses d’ADN mettront probablement en évidence un nombre supérieur d’espèces au sens biologique du terme. Récolter de nombreuses espèces est crucial pour les analyses phylogénétiques que nous envisageons. De plus, les casiers nous ont permis de récolter du matériel sur des substrats très particuliers : bois divers, bambous, écailles de tortues ou os de baleine. Nous saurons ainsi si certaines espèces ont des affinités particulières ou au contraire si elles sont ubiquistes vis-à-vis du substrat organique.
Article rédigé par Blogueur 4
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- phylogénie
22 / 02 / 2007 - Nicolas Puillandre - Diversité des Conoidea
Nicolas Puillandre - Diversité des Conoidea
Pour moi également, l’analyse de mes échantillons de Santo 2006 a commencé. La plupart des spécimens de Turridae, le groupe sur lequel je travaille, sont arrivés en même temps que les échantillons de bois coulés de Julien.
Petit bilan numérique tout d’abord : environ 1700 spécimens de Turridae ont été récoltés. Mêmes s’il est très difficile d’estimer le nombre d’espèces représentées, cet échantillonnage est très intéressant à la fois en terme de diversité spécifique, mais également en terme de réplicats au sein de plusieurs espèces. Comme expliqué dans l’article « Barcode », pouvoir estimer la variabilité génétique intra-spécifique est indispensable pour ensuite la comparer à la diversité inter-spéfique et proposer ainsi des hypothèses de délimitation d’espèces.
Pour être clair, je reviens également sur le groupe sur lequel je travaille : les Turridae. Je devrais d’ailleurs dire : les Conoidea. Il s’agit d’une superfamille de mollusques marins prédateurs, qui possèdent pour beaucoup d’entre une glande à venin très puissant. L’ancienne classification du groupe distinguait au sein des Conoidea 3 familles : les Terebridae, les Conidae, avec le genre Conus comme unique représentant, et les Turridae, avec tout les autres membres des Conoidea. Actuellement, la vision du groupe a changé : les Conoidea se divisent en 7 familles, avec notamment les Terebridae, les Drilliidae, les Conidae (dont le genre Conus) et les Turridae.
L’objectif de ma thèse est d’étudier la diversité de ce groupe, à la fois au niveau spécifique, en utilisant des approches de types barcode pour délimiter les espèces, mais également à des niveaux supérieurs, en utilisant des approches phylogénétiques pour tenter d’éclaircir la classification des différents taxa au sein des Conoidea.
Ces quelques 1700 spécimens, qui s’associent aux 1000 déjà récoltés lors de précédentes missions, devraient me permettre de proposer de nouvelles hypothèses taxonomiques. Quelques 400 spécimens sont d’ores et déjà extraits, et environ 160 séquencés pour le gène COI (voir article "Barcode").
Article rédigé par Nicolas Puillandre
Petit bilan numérique tout d’abord : environ 1700 spécimens de Turridae ont été récoltés. Mêmes s’il est très difficile d’estimer le nombre d’espèces représentées, cet échantillonnage est très intéressant à la fois en terme de diversité spécifique, mais également en terme de réplicats au sein de plusieurs espèces. Comme expliqué dans l’article « Barcode », pouvoir estimer la variabilité génétique intra-spécifique est indispensable pour ensuite la comparer à la diversité inter-spéfique et proposer ainsi des hypothèses de délimitation d’espèces.
Pour être clair, je reviens également sur le groupe sur lequel je travaille : les Turridae. Je devrais d’ailleurs dire : les Conoidea. Il s’agit d’une superfamille de mollusques marins prédateurs, qui possèdent pour beaucoup d’entre une glande à venin très puissant. L’ancienne classification du groupe distinguait au sein des Conoidea 3 familles : les Terebridae, les Conidae, avec le genre Conus comme unique représentant, et les Turridae, avec tout les autres membres des Conoidea. Actuellement, la vision du groupe a changé : les Conoidea se divisent en 7 familles, avec notamment les Terebridae, les Drilliidae, les Conidae (dont le genre Conus) et les Turridae.
| Diversité des Conoidea : de gauche à froite, un Terebridae, Un Conidae, Un Turridae, Un Drilliidae. | Un spécimen de Lophiotoma acuta en action. |
L’objectif de ma thèse est d’étudier la diversité de ce groupe, à la fois au niveau spécifique, en utilisant des approches de types barcode pour délimiter les espèces, mais également à des niveaux supérieurs, en utilisant des approches phylogénétiques pour tenter d’éclaircir la classification des différents taxa au sein des Conoidea.
Ces quelques 1700 spécimens, qui s’associent aux 1000 déjà récoltés lors de précédentes missions, devraient me permettre de proposer de nouvelles hypothèses taxonomiques. Quelques 400 spécimens sont d’ores et déjà extraits, et environ 160 séquencés pour le gène COI (voir article "Barcode").
Article rédigé par Nicolas Puillandre
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