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Logiciels et banques de données

par Philippe Federici last modified 06 Jun 2014 12:30
    • Logiciels externes

      Logiciels de référence utilisés dans le monde de la recherche. L'équipe Acces a conçu des tutoriaux et des dossiers pédagogiques destinés permettant leur prise en main et leur exploitation en classe.

 

 

 

 

  

Logiciels de l'équipe

 

Phylogène : classification et relations de parenté entre les êtres vivants

 

Thématique : Biodiversité et évolution

Phylogène est un logiciel destiné à l'enseignement de l'évolution et de la classification des êtres vivants. Il dispose d'un ensemble de fonctionnalités (observer, comparer, construire, classer, tracer un arbre) qui permettent de travailler sur des données morphologiques, anatomiques et moléculaires. Il est conçu de façon à permettre d'entrer directement sur les différentes activités en fonction des objectifs : découverte de la biodiversité, classification, établissement de relations de parenté... Il peut donc être utilisé à différents niveaux de la scolarité, de l'école primaire aux premières années universitaires.

 

Ce logiciel est accessible gratuitement en téléchargement.

 

Auteurs : Conception, Production, Diffusion : INRP. Conception, réalisation : M. Dupuis, D. Lenne, J-F. Rodes, N. Salamé. Graphisme et schéma : G. Boghossian, M. Dupuis.
Conseils scientifiques : P. Picq  Collège de France, Chaire de Paléoanthropologie (Pr. Coppens), V. Barriel, D. Goujet, G. Lecointre (Museum national d’histoire naturelle).

 

Site de Phylogène

 

EduAnatomist

 

Auteurs : Yannick Vilain et Grégoire Molinatti : recueil et production des ressources de la base de données.

Thématique : Santé humaine / Neurosciences

Logiciel disponible au téléchargement.

Ce logiciel permet d'exploiter pédagogiquement des images cérébrales de la banque NeuroPeda développée par l'INRP.

La compréhension du principe de construction de ces images et leur manipulation constituent donc des enjeux réels de formation. C‘est dans cette perspective que nous constituons une banque de données de neuroimagerie et avons fait développer un logiciel d’utilisation pédagogique de ces images.
Le public ciblé est celui des élèves de lycée et de leurs enseignants de sciences de la vie et de la terre. Dans les programmes actuels de lycée, l’utilisation de la neuroimagerie est envisageable en classes de première S, de première L et éventuellement d'autres classes du secondaire.

Des propositions d'utilisations pédagogiques sont déjà disponibles.

 

Geonote

 

geonote Auteurs : Géonote a été développé dans le cadre des travaux de l'équipe de recherche en éducation e.Praxis - INRP par E. Sanchez et O. Lefèvre. L'application a été testée par l'équipe de didactique des sciences de la Terre de l'ERTé ACCES (M. Michaud, M. Prieur, Gilda Putinier et E. Sanchez). Géonote est un projet du groupe INRP-Géomatique.

Thématique : Didactique des sciences de la terre

Geonote est une application qui permet d'accéder à des données géoréférencées sur une carte. Un clic sur un point chaud de la carte ouvre un menu qui permet d'accéder à des données de type image ou texte. L'application constitue un environnement complet de travail sur les données. L'élève peut superposer différents types de cartes, réaliser des mesures, zoomer sur un détail, rechercher des données indexées, annoter ces données, prendre des notes, accéder à de la documentation.
Géonote possède également un mode édition qui permet de créer un jeu de données comprenant différentes cartes d'une région reconnue pour son intérêt pédagogique et les images et textes associés.

 

Publications    Séances de classe    Place du modèle dans la démarche d’investigation le logiciel

 

Calendrier géologique

 

 

Auteurs : Calendrier géologique a été développé par Gilles Fuxa et Eric Sanchez. Il a bénéficié du concours de Michèle Prieur (INRP) et François Atrops (univ Lyon 1).

Thématique : Didactique des sciences de la terre

Cette application offre aux élèves, de l’école élémentaire à la terminale, un environnement qui leur permet d’explorer des jeux de données datées (paléobiosphères, paléogéographies, paléoenvironnements, paléoclimats…). Les travaux de recherche conduits visent à identifier les usages du Calendrier Géologique dans l’enseignement secondaire et à valider les choix didactiques qui ont présidé à la conception de l’application. L'application donne, pour les différentes périodes sélectionnées, un aperçu de la biosphère et de la paléogéographie, la situation de la période parmi les grands événements de la Terre, son âge absolu, sa position dans le temps en ramenant l'histoire de la Terre à un an et la couleur utilisée pour représenter cette période sur la carte géologique de la France. L'application possède un mode édition qui permet à l’enseignant de créer de nouveaux jeux de données (paléoclimats, crises biologiques, évolution humaine...) et à l’élève de créer sa propre frise du temps à partir d’événements géologiques sélectionnés.

 

Publications  Téléchargement

 

De Visu

 

Auteurs : Ce logiciel , libre de droits, a été développé à l'INRP par 4 enseignants de SVT : Françoise Jauzein, François Tilquin, Anne Woehrle et Mireille Ranc.
Conseillers scientifiques:  Ken Knoblauch, François Vital-Durand, David Alleysson (INSERM, Bron)


Thématique : Neurosciences

  Le logiciel De Visu comporte 12 modules permettant de traiter de façon interactive, quelques aspects de la physiologie de la vision.

Intention pédagogique: ces modules constituent des supports d'activités et/ou de mise en situation permettant de poser les questions, illustrer des concepts ou fournir des résultats d'expérimentation amenant à formuler des hypothèses explicatives. Il est conçu comme une porte d'entrée vers les notions scientifiques relatives à la vision et proposées en soutien pour chaque module.

Public cible :élèves du second degré et étudiants

 
en savoir plus ...

 

Anagène

 

Thématique : Autoformation SVT.

Anagène est un logiciel conçu par le CNDP et INRP. Il est destiné à l'exploitation pédagogique de données moléculaires : séquences de gènes et de protéines.
L'élève peut ainsi travailler sur des gènes et des protéines en taille réelle et non sur des séquences réduites à quelques nucléotides ou acides aminés.

 

Téléchargement d'Anagène

Tutoriel INRP / SVT Académie Orléans Tours Anagène

Banque de séquence Acces pour Anagène

Tutoriel pour être autonome dans la recherche et la création de fichiers .edi pour Anagène (Sandrine Beaudin)

 

  

Econappe et Hydronappe

 

Thématique : Hydrologie Lycée

Auteurs : Les logiciels ECONAPPE et HYDRONAPPE, réalisés avec le concours d'EDF, sont diffusés à titre gratuit.

 

Division Technique générale, Grenoble
Mécénat Technologique et Scientifique, Paris
C. Haguenauer
J. Baly, lycée E. Bichat, Lunéville
P. Berche, lycée H. Poincaré, Nancy
J-Y Boulanger, lycée J. Callot, Vandoeuvre
B. Janin, collège de Dieulouard
Serge Klein, collège de Mirecourt
   

 

ECONAPPE est un logiciel d'étude des facteurs qui interviennent dans la variation du niveau d'une nappe d'eau dans un sol non karstique. Il exploite les données pluviométriques et piézométriques recueillies par l'EDF sur le site du Flumet à proximité d'Allevard dans les Alpes entre 1974 et 1978.

HYDRONAPPE concerne l'étude de la dynamique d'une nappe d'eau au cours du temps. Deux situations sont présentées : la circulation de l'eau dans une nappe libre de la région de Loisy, en Lorraine ; la circulation de l'eau sous un barrage, celui de Bissorte dans les Alpes

 

Téléchargement et autoformation : Télécharger ECONAPPE  Télécharger HYDRONAPPE

 

geocean.gif Géocéan

  

Thématique :  Modélisation de géodynamique océanique

Géocéan est un logiciel dédié à l’étude de la géodynamique océanique aux frontières actives des plaques : les zones de subduction et les dorsales médio-océaniques. Il a été conçu dans le cadre de la recherche pédagogique à l’INRP avec le concours du CNDP qui l'édite.

Géocéan est un ensemble de données et d'outils consacrés à l'étude et à la modélisation de géodynamique océanique. Il permet, dans le cadre des programmes de SVT, de proposer des activités concernant l'expansion océanique (notion développée en 1S) et la subduction (notion présentée en 1S et développée en TS).

 

Géocéan sur le site du CNDP     Tutoriel SVT Orléans-Tours/INRP de Géocéan

 

chronocoupe Chronocoupe

 Auteurs : Gilles Fuxa et Eric Sanchez.

Thématique : Didactique des sciences de la terre

Chronocoupe est un logiciel destiné à l'apprentissage des méthodes mises en œuvre pour établir une chronologie relative (principes de superposition et de recoupement). L’élève est placé en situation de résolution de problème : reproduire des images de coupes géologiques « modèles ». Ce travail le conduit à identifier les relations géométriques entre des structures géologiques, proposer des hypothèses sur la chronologie des événements géologiques à l’origine de ces structures et tester ces hypothèses en simulant leurs conséquences. Sept types d’événements géologiques sont modélisés : sédimentation, érosion, volcanisme, plutonisme, distension, plissement et chevauchement. 

Publications  Téléchargement

 

Paléobiomes : reconstitutions paléoclimatiques

 

Auteurs : Jean-François Carion, Fabrice Dholland, Bruno Raimbault (professeurs SVT au lycée A. Briand de Saint Nazaire), Jean-Pierre Leclerc et Didier Sursin (professeur SVT - lycée Bergson Angers)

développé par Jean-Pierre Leclerc et Didier Sursin.
 
Reconstitutions paléoclimatiques à l'aide de données polliniques, faunistiques, glaciologiques, foraminifères et astronomiques depuis  20 000 ans à différentes latitudes européennes. 

Version2 , la plus complète téléchargement et les nouveautés de cette version

contient les données polliniques, faunistiques, glaciologiques, foraminifères et astronomiques

icone paleobiomes.jpg

Version1 : Logiciel en téléchargement (version à partir des bases de données issues du domaine palynologique valable jusqu'au 01 sept 2025)

aide à l'installation (à lire absolument avant toute installation) et
fichiers de
mise à jour vers la version 2013-2014

 


Le public ciblé est celui des élèves de collège et de lycée ainsi que des enseignants de sciences de la vie et de la terre.

 

 Logiciels externes

 

Logiciels de référence utilisés dans le monde de la recherche. L'équipe Acces a conçu des tutoriaux et des dossiers pédagogiques destinés aux enseignants permettant leur prise en main et leur exploitation en classe.

ebiodyn.jpgnetBioDyn : modélisation d'objets biologiques paramétrables

 

 

Auteurs : Pascal Ballet, Maître de Conférence à l'Université de Bretagne Occidentale

Thématique : Santé humaine

NetBiodyn est un environnement permettant la modélisation et la simulation de mécanismes biologiques complexes.

L'environnement est composé: 

  • d'un langage graphique pour la description des comportements des entités biologiques,
  • d'un modeleur 3D pour la représentation des structures biologiques
  • d'un moteur physique capable de reproduire un environnement acqueux et permettant de mettre en interaction de nombreuses entités.
  • d'une interface permettant l'interaction de l'utilisateur avec le modèle et la simulation.

On peut utiliser NetBiodyn pour la modélisation de phénomènes immunologiques ou autres.

En savoir plus ...

 

 VENSIM : Modélisation par compartiments

 

Auteurs : Société Ventana. Dans sa version de base Vensim PLE, cet outil est  libre de droit pour l'enseignement et la recherche.

 

Les programmes de SVT de seconde et de l'enseignement de spécialité de terminale S, ont pris en compte l'étude du cycle du carbone dans l'optique de son implication dans les changements climatiques. Une telle étude, à différentes échelles de temps, intègre les deux disciplines, biologie et géologie à travers les échanges de carbone entre les différentes enveloppes de la planète : atmosphère, biosphère, hydrosphère et géosphère. Pour pouvoir étudier les flux de carbone au niveau de la planète dans l'optique des changements climatiques passé, présent et futur, la modélisation numérique est un outil incontournable.Acces fournit des aides à la prise en main de différents logiciels de modélisation :

 

 

 

 WinMDI : analyse de données cytométriques

 


Auteur : Joseph Trotter, The Scripps Institute, Flow Cytometry Core Facility

Thématique : Immunologie, Sida

L'étude de l'infection par le VIH permet d'aborder, dans le nouveau programme de Terminale S, l'organisation fonctionnelle du sytème immunitaire. Acces propose des données variées (molécules 3D, séquences, données iconographiques, données cytométriques) permettant de travailler selon différents axes : les acteurs de la réponse à l'infection et de l'immunité acquise, la relation entre l'organisation des molécules d'anticorps et de récepteurs T et leur capacité à se lier spécifiquement à un antigène.

 

Ressources Acces et logiciel WinMDI pour ce thème

Remarque : WinMDI ne fonctionne que sous les versions de Windows jusqu'à XP. Pour les versions plus récentes de Windows, il peut être remplacé par Cytométrie pour lequel un nouveau jeu de données est en cours de développement.

 

 

 Ocean Data View (ODV) : Visualisation de données océanographique

 

ODV.png

Auteur : R. Schlitzer

Thématique : Dossiers Environnement global.

 

Logiciel de visualisation des données océanographiques, outil de chercheur, ce logiciel, très ouvert, permet de multiples activités avec les élèves et peut être utilisé pour la création de documents originaux (cartes, graphes) à partir de données parfois difficiles à trouver.

Accéder :

   

rastop.gif RasTop : visualisation des molécules en 3D

 Auteurs :
Rastop : Roger Sayle, Herbert Bernstein, traduction française : Philippe Valadon pour l'INRP.
Rasmol : Roger Sayle, Biomolecular Structures Group, Glaxo Wellcome Research & Development. 

Thématique : Autoformation SVT.

Logiciel de visualisation tridimensionnelle de molécules traduits avec l'accord de son auteur et issu de RasMol, il est diffusé gratuitement par ACCES.

Site Acces de formation au logiciel RasTop

Site Acces de formation au logiciel RasMol.

 

Google Earth

 

google_earth.png ->

Auteurs : Google

Thématiques : Hydrogéologie, hydrologie, géologie, éducation à l'environnement…

C'est un globe virtuel qui permet de visualiser les images de la planète, enregistrées par satellite. La superposition d'informations supplémentaires (photos, cartes géologiques, coupes, accès à des liens externes…) permet d'adapter l'outil dans le contexte pédagogique de son choix. La préparation des fichiers supports d'activités est généralement long et Eduterre – Usages met à disposition des modules enrichis adaptés à certains contextes pédagogiques.

Le public ciblé est celui des enseignants de sciences de la vie et de la terre ou d'histoire – Géographie, les élèves de lycée et de l'enseignement supérieur.

Logiciel disponible au téléchargement.

Scénarios pédagogiques    Tutoriel     Publications

MapView SVG (Scalable Vector Graphic)

prelevements_osout.jpg

Auteurs : UISmedia Lang et Muller

Thématiques : Hydrogéologie, hydrologie, géologie, éducation à l'environnement…

MapView SVG est un outil, c'est une extension d'ArcGIS (ESRI) qui permet de visualiser en ligne ou de télécharger un ensemble de données déjà organisées. La réalisation de ces Systèmes d'Information Géoscientifique demande donc une bonne connaissance d'ArcGIS. Ils peuvent s'ouvrir :

- avec Internet Explorer, mais il faut préalablement télécharger un petit logiciel "svgview.exe" (2,27 MO)  Cliquer ici pour le télécharger.

- avec Firefox (à partir de la version 2.0.0.11) pas besoin de logiciel mais le téléchargement des données est beaucoup plus lent et le graphisme parfois moins joli qu'avec Internet Explorer, il est donc conseillé d'utiliser ce dernier.

 

Eduterre – Usages met à disposition des SIG au format SVG avec ouverture en ligne ou téléchargeables, adaptés à certains contextes pédagogiques.

SVG Téléchargeables   - Scénarios pédagogiques - Tutoriel  - Publications


InfoTerre

InfoTerre

Auteur :  BRGM

Thématiques : Cartes géologiques, Hydrogéologie, Forages, risques naturels et industriels.

InfoTerre est un visualiseur en ligne des données géoscientifiques du BRGM : cartes géologiques du 1/1.000.000 au 1/50.000, dossiers de la Banque du Sous-Sol et logs géologiques, cartes des risques naturels et industriels, données sur les eaux souterraines (piéométrie, qualitométrie)...

Ce visualiseur permet également le téléchargement des notices des cartes géologiques au 1/50.000 et d'enregistrer les données affichées au format xml.

 

 Accès à InfoTerre    -    Tutoriel    

 

 


 

 

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