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Evolution du nombre de mutations au cours du temps

Par Naoum Salamé Dernière modification 28/07/2020 09:29

11. Evolution du nombre de mutations au cours du temps

Cliquer sur l'image pour accéder aux données dans Nextstrain

Les chercheurs ont calculé pour chacun des milliers de génomes séquencés de Janvier à fin Mai, le nombre de sites où le génome séquencé différait du génome de référence chinois. Cela revient à déterminer le nombre de mutations qui ont eu lieu durant l’histoire évolutive de chaque virus à partir de l’ancêtre commun à tous les virus.

Les dates indiquées en abscisse permettent de connaître la date où tel ou tel génome viral a été séquencé. La couleur de chaque cercle représentant un virus est fonction du mois où il a été recueilli chez un patient et séquencé.

Exploitation pédagogique

Indiquer :

- Les conclusions qui se dégagent suite à l’analyse de ce document.

- Ce que représente la ligne droite qui a été tracée et calculer le nombre moyen de mutations survenues au cours de l’histoire du virus depuis son apparition en décembre en Chine. Comparer avec la vitesse d’évolution indiquée sur le document.

La première conclusion est la variabilité du nombre de mutations chez les virus séquencés à la même période Cette variabilité augmente avec le temps d’évolution.

Un nombre élevé de mutations signifie que des mutations se sont accumulées au fil des générations issues d’un virus initial. Des virus peuvent exister plusieurs mois après la naissance du virus bien qu’ayant peu évolué.

La droite indique le nombre moyen de mutations des virus identifiés à la même période. Elle traduit que ce nombre moyen augmente au cours du temps. Il y a une évolution du virus qui se traduit quantitativement et statistiquement par une augmentation du nombre de mutations. La courbe indique un nombre moyen de mutations de 10 fin mai soit approximativement 5 mois après le premier génome séquencé à Wuhan en Chine. Cela indique une vitesse d’évolution du Sars-CoV-2 de 10x12/5 = 24 mutations par an ce qui est en accord avec la donnée du document. Comme l’ensemble du génome du Sars-Cov-2 comprend presque 30000 nucléotides cela correspond à environ une mutation pour 1000 nucléotides en un an.