Génomes viraux européens en fonction de la mutation protéique S : D614G.
10 . Coloration des génomes viraux européens en fonction de la mutation protéique S : D614G.
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Exploitation
Par rapport à ce site 614 de la protéine S (spike) du virus, indiquer :
- l’état ancestral et l’état dérivé ;
- l’acide aminé présent au site 614 chez les premiers génomes européens qui ont été séquencés ;
- l’évolution de la fréquence relative des génomes 614D et 614G au cours du temps dans les populations européennes.
- Proposer une ou deux explications pouvant rendre compte des faits constatés.
Les génomes des premiers virus séquencés en Europe possédaient l’état ancestral D (acide aspartique) au site 614 (614D) de la protéine S. Fin février apparaissent des virus dont le génome au niveau du site 614 de la protéine S est 614G. Par la suite, la fréquence des deux types de génomes et leur diversification augmente mais beaucoup plus pour le génome 614G. Les mêmes conclusions se dégagent de l’analyse des virus séquencés en France. Si on regarde l’arbre précédent sur la phylogénie à l’échelle mondiale, on constate que c’est aussi vrai pour d’autres continents. Des explications possibles sont les suivantes :
- Les virus 614G en Europe ont pour origine une mutation d’un virus 614D exporté de Chine. Ensuite les deux types de virus se sont propagés dans toute l’Europe et diversifiés. Par suite d’un avantage sélectif (sélection naturelle) dû à une meilleure transmissibilité, la fréquence des virus ayant le génome 614G a beaucoup plus augmenté que celle des virus 614D. La protéine S joue un rôle crucial dans l’entrée du virus dans une cellule. La mutation au niveau de ce site a pu conférer une capacité d’infection plus grande et donc la capacité à se multiplier davantage, à produire de nouveaux virions.
- Une autre explication possible est que la mutation D614G ait eu lieu en Chine et que c’est un virus ayant le génome 614G qui a été exporté de Chine en Europe. Ce type de génome se serait répandu rapidement parce qu’il est arrivé en premier.