Séquences pour Phylogène
Covid-19 - Ressources moléculaires
Séquences pour Phylogène
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Origine NCBI. Alignement avec Clustalx/ClustalOmega Séquences nucléiques alignées des coronavirus séquencés chez 10 Chinois de Wuhan. Séquences nucléiques alignées des coronavirus séquencés chez 10 citoyens de différents états des USA. Séquences déposées la 1ère semaine d'avril 2020. Séquences nucléiques alignées des coronavirus Sars-CoV-1, Sars-CoV-2 et MERS chez l'homme, ainsi que de la chauve-souris RaTG13 et du pangolin. Génomes complets. Coronavirus-humains-HCoV-bis.aln Séquences nucléiques alignées de 7 coronavirus humains. Génomes complets. Coronavirus animaux et humains Séquences nucléiques de 15 coronavirus connus. Génomes complets. Domaine de fixation au récepteur ACE.aln Domaine de fixation au récepteur ACE2 pour Sars-CoV2, Sars-CoV1, RaTG13 et Pangolin. |
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Phylogénie des séquences de Sars-CoV-2 sur Nextstrain. (Au 14/05/2020) Séquences de GISAID. Phylogénie des séquences Françaises. (Au 14/05/2020) |
Modélisation
- Phylodynamique du COVID-19 en France : variations temporelles de la croissance épidémique.
Groupe de modélisation de l’équipe ETE (Laboratoire MIVEGEC, CNRS, IRD, Université de Montpellier).
9 avril 2020 (mis à jour le 24 avril).
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