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Séquences pour Phylogène

Par Naoum Salamé Dernière modification 16/06/2020 10:10
Le séquençage a montré seulement 79% d’identité nucléotidique avec le SARS-CoV et 50 % avec le MERS-CoV, 96 % d’identité avec celui d’un virus de chauve-souris (Bat CoV RaTG13) et 99% d’identité avec le génome d’un coronavirus détecté chez le pangolin. (Extrait ANSES)

Covid-19 - Ressources moléculaires

Séquences pour Phylogène

Origine NCBI.

Alignement avec Clustalx/ClustalOmega

Sars-CoV-2-Wuhan.aln

Séquences nucléiques alignées des coronavirus séquencés chez 10 Chinois de Wuhan.

Sars-CoV-2-USA.aln

Séquences nucléiques alignées des coronavirus séquencés chez 10 citoyens de différents états des USA. Séquences déposées la 1ère semaine d'avril 2020.

Sars-Cov-2.aln

Séquences nucléiques alignées des coronavirus Sars-CoV-1, Sars-CoV-2 et MERS chez l'homme, ainsi que de la chauve-souris RaTG13 et du pangolin. Génomes complets.

Coronavirus-humains-HCoV-bis.aln

Séquences nucléiques alignées de 7 coronavirus humains. Génomes complets.

Coronavirus animaux et humains

Séquences nucléiques de 15 coronavirus connus. Génomes complets.

Domaine de fixation au récepteur ACE.aln

Domaine de fixation au récepteur ACE2 pour Sars-CoV2, Sars-CoV1,  RaTG13 et Pangolin.

Phylogénie des séquences de Sars-CoV-2 sur Nextstrain. (Au 14/05/2020)

Séquences de GISAID.

Phylogénie des séquences Françaises. (Au 14/05/2020)

Modélisation

- Phylodynamique du COVID-19 en France : variations temporelles de la croissance épidémique.

Groupe de modélisation de l’équipe ETE (Laboratoire MIVEGEC, CNRS, IRD, Université de Montpellier).

9 avril 2020 (mis à jour le 24 avril).


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