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Suivi des variants SARS-CoV-2

Par Naoum Salamé Dernière modification 14/01/2022 17:49
Pour Anagène. Séquences Spike, RBd, RBM ; variants Alpha à Omicron.

Structure du Spike de Sars-CoV-2

D'après : Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation

Daniel Wrapp et ali.

Fig. 1 Structure of 2019-nCoV S in the prefusion conformation.

(A) Schematic of 2019-nCoV S primary structure colored by domain. Domains that were excluded from the ectodomain expression construct or could not be visualized in the final map are colored white. SS, signal sequence; S2′, S2′ protease cleavage site; FP, fusion peptide; HR1, heptad repeat 1; CH, central helix; CD, connector domain; HR2, heptad repeat 2; TM, transmembrane domain; CT, cytoplasmic tail. Arrows denote protease cleavage sites. (B) Side and top views of the prefusion structure of the 2019-nCoV S protein with a single RBD in the up conformation. The two RBD down protomers are shown as cryo-EM density in either white or gray and the RBD up protomer is shown in ribbons colored corresponding to the schematic in (A).

Séquences pour Anagène

Spike, RBD, RBM de tous les variants

Résultats des comparaisons

Comparaison des molécules S (Spike. 1273 aa). Matrice obtenue avec Géniegen 2.

Nombre de mutations dans la protéine S (Référence Wuhan).


Comparaison des RBD (Receptor binding domain. 319-541 . 223 aa). Matrice obtenue avec Géniegen 2.

Nombre de mutations dans le RBD de la protéine S (Référence Wuhan).


Comparaison des RBM (Receptor binding motif. 437-507. 71 aa). Matrice obtenue avec Géniegen 2.

Nombre de mutations dans le RBM de la protéine S (Référence Wuhan).


Localisation des mutations dans le RBM de la protéine Spike

Colonnes en jaune : mutations dans Omicron communes avec d'autres variants.

Schématisation de Spike avec localisation des mutations présentées par Omicron

 

Positions en interaction avec ACE2

Image extraite de l'article : Receptor Recognition by the Novel Coronavirus from Wuhan: an Analysis Based on Decade-Long Structural Studies of SARS Coronavirus.


Suivi des variants

Sur Gisaid Sur Viral Zone
Sur Nextstrain Sur site OMS