Enseigner les Sciences de la nature

logo ensl   Logo du ministère de l'éducation
logo CIRI logo Immuniser Lyon
logo LBMC logo Musée Mérieux
Logo Inserm igfl igfl logo CREATIS
Logo du Museum national des histoires naturelles
Logo du musée de Confluences
logo geo 3d
Logo de Lyon 1 logo lgltpe 
Logo du Museum national des histoires naturelles
Logo du musée de Confluences
logo LBMC
logo LBMC
logos composé logo COP In My City logo Investissement d'avenirLogo du musée de Confluences
logo Météo France Logo du musée de Confluences
logo EVSlogo Grand Lyon
Vous êtes ici : Accueil / Thématiques / Génétique moléculaire et évolution / Logiciels / Phylogène / Documentation versions 2011-2012 / Activités / Établir des parentés / Établir des relations de parenté avec Phylogène au lycée

Établir des relations de parenté avec Phylogène au lycée

 

iconephylo.jpg

On représente les relations de parenté par un arbre phylogénétique établi par la méthode cladistique : un cladogramme.

Pour construire un cladogramme, il faut avoir un tableau de caractères où les états dérivés sont distingués des états primitifs. Il faut donc avoir préalablement polarisé les caractères. Il vaut mieux aussi avoir organisé le tableau. Cela permet d'activer les taxons dans un ordre logique : de préférence en commençant par les taxons du groupe ayant le moins d'états dérivés (le taxon extragroupe sera laissé de côté).

Tracé d'un cladogramme pas à pas etablir_lycee_icones_taxons.jpg

l'icône de choix des taxons doit être activée.

 Au départ aucun taxon n'est actif. Il faut en choisir deux qui possèdent au moins un état dérivé commun et les activer en cliquant sur leurs noms dans le tableau.etablir0.jpg
Activer un caractère dont un état dérivé est partagé par les deux taxons.
Relier alors ces deux taxons en raison de leur état dérivé exclusif (parmi les taxons sélectionnés) partagé.

etablir1.jpg

2 taxons

activés

etablir_1bis.jpg

Un caractère partagé est activé

etablir2.jpg

déplacement

etablir3.jpg

on dépose

résultatetablir4.jpg

Lorsque l'on choisit un caractère, un code couleur apparaît :

C'est le code qui a été choisi à l'étape polariser. Si cette étape a été omise un code par défaut est utilisé :

  • en bleu : état primitif du caractère
  • en blanc : état indéterminé (?)
  • en jaune puis orange...état dérivé.
Choisir un autre taxon ayant un caractère dérivé partagé avec un des deux autres.
etablir1.jpg

etablir2.jpg

S'il y a un caractère dérivé partagé avec un seul des deux premiers taxons, on branche le nouveau taxon sur la branche de l'ancien. Dans le cas contraire, on branche le nouveau taxon sur le noeud.

etablir3.jpg

etablir4.jpgOn observe ici que le Saki et le Tarsier ont un caractère dérivé commun (absence de rhinarium) qui n'est pas partagé avec l'Indri. La branche du Saki se rattache donc à celle du Tarsier.

Il suffit de cliquer sur la branche du Saki. De la déplacer avec la souris, le bouton gauche restant enfoncé et de la relâcher sur la branche du Tarsier

etablir5_deplacer.jpgetablir6_relacher.jpgetablir8.jpg

Déplacement des branches de l'arbre :

  • cliquer sur la branche à déplacer avec le bouton gauche de la souris
  • sans lâcher ce bouton, déplacer la souris de façon à venir faire le branchement là où on le souhaite (lorsque le branchement est possible, un symbole apparaît : croix pour un branchement simple ;
  • doigt pointé vers le haut pour un branchemnt multiple ;
  • Pour inverser l'ordre de deux branche : prendre la branche à déplacer à la souris et la relâcher après celle dont elle doit prendre la position.
On continue ains en activant les taxons un par un (en remontant dans la liste si le tableau a été bien organisé).

etablir9.jpg

caractère sélectionné : orbites fermées

etablir10.jpg

caractère sélectionné : narines

Les autres taxons partagent tous les mêmes états de caractères (pour ceux référencés dans la collection). Ils se rassemblent donc au même niveau.
etablir11.jpg

Comparaison de différents arbres

Si on veut conserver les étapes de la construction de l'arbre ou si on hésite entre plusieurs possibilités, on peut conserver l'état actuel dans une fenêtre qui permettra de comparer avec une modification ultérieure. Pour copier un état de l'arbre, cliquer sur le bouton Choix et choisir le menu Copier l'état actuel.

etablir_lycee_CopierEtat.jpg

Lorsque l'on active un caractère du tableau, la coloration est aussi mise à jour dans toutes les fenêtres ouvertes.

etablir12.jpg

Ici, la version de gauche nécessite deux changements (dans la branche racine et dans la branche de l'Indri) elle est donc moins probable que la version de droite qui ne nécessite qu'un changement.

Remarquer aussi la couleur blanche du noeud qui relie Indri et Saki. Cette couleur indique qu'il n'y a pas de caractère dérivé partagé exclusif qui justifie ce noeud. Cela ne veut pas forcement dire qu'il y a une erreur (ce peut être dû à une convergence ou à une réversion). C'est un signal qui indique  qu'il y a un problème à résoudre.

Lorsqu'une copie a été faite, un menu arbres apparaît qui permet de gérer les fenêtres d'arbre qui ont été crées.

etablir_lycee_menuArbres.jpg


les icônes en relation avec le tableau

 etablir_lycee_icone_orga.jpg

Organiser le tableau

 

Afficher les documents

 


le menu choix etablir_lycee_boutonChoix.jpgetablir_lycee_menuChoix.jpg

Copier l'état actuel (voir ci-dessus)

Afficher les boîtes de l'arbre : c'est la mise en évidence des groupes monophylétiques avec leur représentation sous forme de boîtes sur l'arbre. Ces groupes peuvent être nommés.

éditer/explorer l'arbre

  • en mode édition, on peut faire ou modifier des branchements ;
  • en mode Exploration on peut intervertir des branches, mais sans modifier les relations de parenté représentées. c'est en mode exploration que l'on peut obtenir les portraits robots des ancêtres en cliquant sur les noeuds.

Afficher la longueur de l'arbre : cette indication de longueur permet de faire des choix entre plusieurs versions d'arbre en utilisant le principe de parcimonie.

Afficher le tableau des distances : ce tableau donne le nombre de différences entre les taxons en tenant compte des états primitifs et des états dérivés. Il n'est proposé dans cette partie que pour permettre de comparer la méthode phénétique (basée sur les ressemblances globales) et la méthode cladistique.


Les icônes  de manipulation de l'arbre

annul.jpg Annule les opérations réalisées (une par une)
select.jpg Doit être enfoncée pour permettre le travail de déplacement des branches et d'affichage sur l'arbre du code couleur des états d'un caractère.
permut.jpg Permutation des branches autour d'un noeud : cliquer sur cette icône, puis se placer au niveau d'un noeud et cliquer à nouveau.
origine.jpg Rejoint toutes les branches en annulant les regroupements antérieurs (point de départ de la construction de l'arbre dans l'ancienne version).