Bilan de l'évolution du logiciel Phylogène (2008-2010)

Au cours des deux dernières années, logiciel Phylogène a été assez profondément remanié pour le traitement des données morphologiques et anatomiques. Ces modifications ont été faites dans la continuité du travail remarquable des premiers concepteurs, en apportant des compléments dans plusieurs directions. Voici les grandes lignes des modifications apportées.

• Une adaptation à l'utilisation en classe de collège, en conformité avec les nouveaux programmes.
  • Une activité de classification (Classer) avec une construction complète des groupes emboîtés. Une fois les groupes constitués, l'élève peut ajouter des espèces pour les classer dans les boîtes.
  • Une activité d'établissement des parentés, (Établir des parentés), avec une construction semi-automatisée de l'arbre en parallèle avec la construction des groupes emboîtés. Il s'agit d'interpréter les groupements emboités comme le résultat de l'évolution.
  • Une activité de positionnement des espèces fossiles dans l'échelle des temps géologiques (Dater). Pour un élève, la dimension du temps est difficile à lire sur un arbre cladistique. La représentation ajustée sur une échelle des temps géologique est plus parlante et permet de retracer quelques grandes lignes de l'histoire du monde vivant.
• une diversification des activités en classes de lycée.
  • Une approche de la biodiversité dans le nouveau programme de Seconde, peut trouver place en partant des groupements emboités d'une collection collège (activité Classer). L'élève peut définir les états de caractères d'autes espèces des mêmes groupes mais ayant des particularités différentes. Ces nouvelles espèces auront été observées lors d'une sortie ou décrites à partir de documents.
  • Une première approche peut être d'organiser des données paléontologiques (activité Organiser accessible à partir d'Observer pour les collections comportant des fossiles). Les différentes espèces actuelles ou fossiles sont disposées suivant une échelle des temps géologiques (sans représentation de leur liens de parenté). On peut alors librement définir des caractères et leur états et colorer les segments représentant les taxons avec des couleurs représentant les états de caractères. En utilisant une collection assez fournie comme celle des équidés on arrivera à l'idée d'évolution buisonnante et on pourra s'interroger sur la manière d'établir les relations de parenté.
  • Polariser les états de caractères. Dans le logiciel, la polarisation des caractères se fait de manière argumentée à partir d'un taxon extra-groupe. Les données du tableau peuvent être organisées de manière à rassembler les taxons qui se ressemblent.
  • Établir des parentés, comparaison et manipulation des arbres cladistiques. Une fois les états de caractères polarisés, on peut construire progressivement l'arbre cladistique, puis l'explorer, pour rechercher les portraits-robots des ancêtres représentés par les noeuds. Il est aussi possible de partir d'un ou plusieurs arbres enregistrés à l'avance et de les explorer pour comprendre les relations de parentés qu'ils représentent. Si la collection comporte des groupes nommés, on peut les délimiter dans l'arbre étudié.
  • L'activité de positionnement des espèces fossiles dans l'échelle des temps géologiques (Dater) est accessible après avoir construit l'arbre cladistique.
• pour le collège comme pour le lycée, la dimension temporelle a été renforcée.
• Une amélioration de l'ergonomie du logiciel, avec des possibilités d'impression et de copie de documents ou de graphiques.
• Une souplesse d'utilisation pour le professeur, avec des possibilités étendues de configuration :
  • le choix de la collection, des taxons et des caractères étudiés peut être préparé à l'avance dans un fichier de configuration.
  • Cette configuration permet aussi le démarrage automatique sur une activité. Cela devient possible même pour les activités finales telles que classer et établir des parentés, sans obligation de passer par le remplissage complet de la matrice.

Il reste à poursuivre l'effort de mise à jour et d'enrichissement des collections et à reprendre la partie moléculaire... ou à améliorer un logiciel comme Anagène qui puisse aussi utiliser les séquences alignées pour construire des arbres moléculaires.