Classification linnéenne et classification phylogénétique

La classification de Linné a été construite pour organiser le monde vivant en catégories emboîtées ou juxtaposées. Conçue dans un cadre fixiste, mais bénéficiant des observations de très nombreux biologistes, elle a été assez facilement adaptée au cadre évolutif.

Classification linnéenne

L'espèce (biologiquement définie par l'interfécondité) est à la base de la classification. On la range dans un système de boites plus ou moins prédéfinies (au moins quand les grandes lignes de la classification sont bien établies).

Règne comprenant différents Embranchements eux-mêmes composés de Classes qui regroupent des Ordres formés de Familles composées de Genres dans lesquels on place les espèces.

Si on trouve une nouvelle espèce (actuelle ou fossile), on cherche à la placer dans une boîte existante, en tenant compte de l'ensemble de ses caractères. Si ce n'est pas possible, on crée une (ou une série de nouvelles boîtes - nouveau genre - nouvelle famille...).

Les grandes lignes de la classification ont été tracées avant les idées d'évolution, en utilisant des états de caractères qu'une étude ultérieure a reconnus comme dérivés, mais aussi des états ancestraux. Des groupes de même niveau (Classe par exemple) peuvent dériver les uns des autres. On disait ainsi que la Classe des Amphibiens a donné naissance à la classe des Reptiles qui a elle-même donné naissance aux classes des Mammifères et des Oiseaux.

Cela revient à introduire insidieusement (même sans que cela ne soit directement affirmé) une idée d'ordre entre les différentes classes, celle des Amphibiens étant la "moins évoluée". La logique évolutive n'est pas bien respectée.

Classification phylogénétique cladistique

Elle s'appuie sur l'arbre phylogénétique. Les groupes définis sont monophylétiques : ils regroupent un ancêtre hypothétique (un nœud de l'arbre) et l'ensemble complet de ses descendants. Si un groupe donne naissance à un autre, ce dernier lui appartient et en forme un sous-ensemble.

L'avantage est évident : une concordance parfaite avec le scénario le plus probable de l'évolution du groupe étudié. L'inconvénient est la multiplication des niveaux d'emboitements, déjà 10 pour l'arbre des Vertébrés ci-dessous qui est pourtant fortement simplifié.

En fin de compte, lorsque l'on trouve une nouvelle espèce, on essaie de l'insérer dans un arbre, ce qui fait créer une nouvelle branche et souvent une nouvelle racine... et donc oblige à définir un nouveau groupe, un nouveau niveau de classification.

Un autre problème se pose : celui du statut de l'espèce : ce n'est pas un groupe comme un autre, dans ce sens qu'il ne peut être que provisoirement monophylétique... sauf s'il disparaît sans descendance. Dès que les descendants seront assez différents, on en fera une nouvelle espèce... qui n'appartiendra donc pas à l'espèce d'origine.