Présentation du logiciel netBioDyn et ressources pédagogiques
netBioDyn est un environnement permettant la modélisation et la simulation de mécanismes biologiques complexes.
Auteur : Pascal Ballet, Maître de Conférence à l'Université de Bretagne Occidentale
Cet environnement nécessite la présence de Java dans le navigateur.
L'environnement est composé:
- d'un langage graphique pour la description des comportements des entités biologiques ;
- d'un modeleur 3D pour la représentation des structures biologiques ;
- d'un moteur physique capable de reproduire un environnement aqueux et permettant de mettre en interaction de nombreuses entités ;
- d'une interface permettant l'interaction de l'utilisateur avec le modèle et la simulation.
Le logiciel
- Utilisation en ligne, Université de Brest
- (utilisation hors ligne) : Télécharger le logiciel (NetBioDyn version 2018) à partir de l'Université de Brest
Maitriser netBioDyn
Ressources et usages pédagogiques
netBioDyn est basé sur la théorie des systèmes multi-agents (individu centré) supposant une description locale des entités et l'étude de leur auto-organisation.
Dans netBioDyn, un agent est une entité informatique représentant une entité biologique au travers de comportements et d'interactions. Tous les agents sont plongés au sein d'un même environnement afin d'étudier et d'observer l'évolution du système biologique modélisé au cours du temps.
Remarque : les problèmes de dysfonctionnement du logiciel (pas de visibilité de l'interface netBioDyn à l'ouverture du logiciel, ou gel du logiciel lors de son utilisation) sont généralement résolus par une mise à jour du programme Java .
netBioDyn permet de faire tourner des modèles ou de créer de nouveaux modèles. En immunologie, l'utilisation de modèles netBioDyn s'avère intéressante au collège comme au lycée, en particulier lorsqu'il s'agit de travailler autour d'expériences non réalisables en classe.
Il est possible de créer des modèles pour enseigner l'évolution, la génétique, l'immunité, etc.