Document : La découverte d'une conséquence de la méthylation des exons chez l'abeille
C - La découverte d'une conséquence de la méthylation des exons chez l'abeille
Chez les mammifères c’est la méthylation des sites CpG des séquences régulatrices des gènes qui affectent l'expression de ces derniers, une forte méthylation inhibant celle-ci. Chez l’Abeille cela ne semble pas être toujours le cas puisque la méthylation touche surtout les exons. On a alors fait l’hypothèse que chez l’Abeille la méthylation des exons pouvait affecter l’épissage des gènes. Cela a été testé notamment sur le gène GB18602 qui code pour une protéine transmembranaire.
On dispose :
- de la séquence complète du gène en ADN (brin non transcrit) ;
- de la séquence de l'ARN-prémessager ;
- Des séquences de deux ARNm résultant de la transcription du gène suivie de deux épissages différents de l'ARN pré-messager ;
- des séquences strictement codantes des 2 ARNm.
A partir de là on peut rechercher en quoi diffèrent les épissages conduisant à 2 ARNm à partir de la même séquence du gène. Pour cela on peut comparer les 2 ARNm.
La conclusion tirée de cette comparaison peut aussi être testée à l'aide du dotplot.
Afin d'avoir une vue d'ensemble de la structure du gène, on peut comparer l'ARN-prémessager avec chacun des ARNm des variants d'épissage.
On peut enfin comparer les 2 protéines et rechercher comment les différences dans les épissages des 2 ARNm entraînent les différences au niveau protéique.
On dispose aussi du profil de méthylation du gène GB18602 chez les ouvrières et la reine (ce qui permet de voir s’il y a une corrélation entre méthylation et épissage).
Enfin on dispose de l’expression relative des deux ARNm transcrits chez l’ouvrière et la reine.
D'après : The Honey Bee Epigenomes: Differential Methylation of Brain DNA in Queens and Workers. Lyko et al. Plos November 2, 2010.
Expression des variants S et L chez les reines/ouvrières.
En ordonnée on a le rapport : expression du gène chez la reine / expression du gène chez les ouvrières des variants d'épissage court et long du gène 18602.