Comparaison des logiciels Anagène et GénieGen
Par
jfmadre,
publié le
01/04/2014,
mise à jour le
10/01/2018
GénieGen apporte quelques améliorations à l'affichage et à certains traitement des données et permet une représentation graphique des séquences.
Anagène reste indispensable pour la richesse de sa base de données et de sa documentation, issues des travaux innovants de plusieurs équipes de l'INRP, en lien avec le CNDP
Les points forts de chaque logiciel
| Anagène |
GénieGen |
- Une banque de séquences très fournie, classée par thèmes et par niveaux, et mise à jour pour les nouveaux programmes.
- Une documentation détaillée expliquant l'intérêt pédagogique de l'utilisation des séquences de la banque de données.
- De nombreux exemples d'utilisation sur les sites académiques.
- Un outil Dot Plot pour repérer les exons et les introns en comparant gène et ARNm.
|
- Un affichage des séquences avec des choix. Un affichage explicite de la position du curseur dans la séquence.
- Des résultats d'alignement avec un tableau de comparaison des séquences alignées où l'on peut choisir le type de résultat affiché (ressemblance ou différence, nombre ou pourcentage...).
- Un outil de représentation graphique des séquences étudiées.
- La possibilité de copier des "morceaux choisis" des séquences (par exemple les zones qui sont différentes) pour coller dans un compte-rendu.
- Possibilité d'éditer de manière simple une séquence pour simuler une mutation, en indiquant le type de mutation et la position dans la séquence.
- Une grande compatibilité avec les formats de fichiers des banques de données internationales (fasta...) et aussi avec les fichiers d'Anagène. Possibilité d'utiliser un fichier .pdb (données moléculaires 3d) comme fichier de séquence. Une fenêtre permet aussi d'entrer facilement, par copier-coller, des séquences issues de banques de données internationales (NCBI, EMDB...).
- La possibilité de traiter des séquences circulaires.
- Un outil pour une recherche raisonnée d'enzymes de restriction.
|
En résumé, Anagène est indispensable, au moins pour sa banque de données. Certains collègues préfèrent GénieGen pour l'utilisation en classe ou la production de nouvelles séquences issues des banques de données internationales.
