Le traitement des séquences circulaires
Le logiciel GénieGen peut traiter les séquences circulaires d'ADN (ADN mitochondrial ou plasmides par exemple).
Déplacement dans la séquence
Dans ce cas, le déplacement dans la séquence ne s'arrête pas à la fin mais reprend au début. Le repère de position est alors donné en fonction du début de la séquence qui a été entrée.
Alignement de séquences
Dans le cas de séquences circulaires, l'alignement se fait en deux fois :
Le premier alignement se fait de manière traditionnelle, comme si les séquences étaient linéaires.
Le logiciel vérifie ensuite s'il n'y a pas de décalage dans le repérage du début des séquences (on constate un tel décalage avec certaines séquences d'ADN mitochondrial de Primates où la coupure n'est pas toujours au même endroit).
S'il y a un décalage, il est corrigé et un nouvel alignement est effectué.
Action des enzymes de restriction
Le logiciel tient compte du caractère circulaire de la séquence pour déterminer le nombre de fragments obtenus (avec une séquence circulaire, 1 coupure donne un seul fragment !)
Représentation graphique
Les séquences circulaires sont représentées par des cercles.